實時熒光定量PCR技術是1996年由美國Applied biosystems公司推出在定性PCR技術基礎上發展起來的核酸定量技術。該技術在PCR反應體系中加入熒光基團，利用熒光訊號積累實時監測整個PCR程序，使每一個迴圈變得“可見”，最後透過Ct值和標準曲線對樣品中的DNA (或cDNA) 的起始濃度進行定量的方法。實時熒光定量PCR是目前確定樣品中DNA (或cDNA)複製數最敏感、最準確的方法。

目前市場上miRNA qPCR檢測方法主要有以下兩種：1. 兩步法； 2.三步加尾法。兩種方法的主要差別在於qPCR之前的cDNA製備過程（如圖）。其中兩步法是透過獨特設計的莖環結構引物進行反轉錄將miRNA反轉錄成cDNA。而三步法則是給miRNA序列加polyA尾，之後再利用反轉錄過程將miRNA反轉錄成cDNA並加上獨特設計的尾部序列。

兩步法的優勢在於特異性很高，但是最新的研究報道顯示在編輯過程中，miRNA 的3’序列的多樣化現象(Heterogeneity)，這種現象的發生使得目前市場上qPCR兩步檢測法的準確性受到影響（如圖）。而三步法則不受這一現象的影響，而且隨著科學家們的不斷摸索創新，三步法的特異性如今已經可以和兩步法媲美。更重要的是低廉的價格也是三步檢測法越來越受到廣大研發人員喜愛的重要原因。