第二代支付系統與第一代區別如下：
2002年上線執行的人行第一代支付系統主要包括大額支付系統、小額支付系統和全國支票影像交換系統三個應用系統。2009年人行決定立足第一代支付系統的成功經驗，建設適應新興電子支付發展的、面向參與者管理需要的、功能更完善、架構更合理、技術更先進、管理更簡便的第二代支付系統，並取代第一代支付系統成為國內各商業銀行辦理跨行支付業務的核心和主要渠道。
第二代支付系統在繼承了一代各業務系統功能的同時，引入了先進的支付清算管理理念和技術標準，採用了金融業通用報文方案（ISO20022標準），提供全面的流動性管理及連線第三方支付組織的介面，使得其在降低商業銀行清算賬戶管理風險和支援新興電子支付業務的發展上，具有不可替代的優勢。
二代支付系統的改進主要體現在：一是支援商業銀行以法人為單位一點集中接入。總部及其分支機構的支付業務可以集中透過一個賬戶完成處理，這樣有利於提高業務處理效率，也有利於提高資金使用效率。總部的資金管理部門可以方便地監測全行的流動性使用情況，更加靈活地排程資金。二是提供更加豐富的流動性管理功能。第二代支付系統新增了大額支付系統排隊業務撮合、“資金池”管理、“一攬子”流動性實時查詢等功能，清算效率提高。三是支援線上支付業務的跨行處理。客戶透過開戶銀行的網上銀行或自助服務終端發起跨行支付業務後，在很短時間之內就可以瞭解資金到賬情況，有助於改進客戶網上支付體驗，促進電子商務發展。四是系統執行維護更加高效。第二代支付系統的風險預警能力和執行監控效率都有很大提高，系統執行更加安全、穩定。五是系統備份功能更加健全。第二代支付系統以生產為中心，以遠端備份中心和同城資料中心為架構，具有健全的生產恢復能力，確保突發事件發生時支付業務的連續處理及資訊資料的安全完整。六是採用國際通用的報文標準。第二代支付系統的報文標準採用國際通用的ISO20022報文規範，有利於各系統之間的互聯互通，如計劃透過第二代支付系統與有關外幣清算系統對接，實現本外幣交易的PVP（同步收付）結算，提高本外幣交易的結算效率，防範結算風險。
第二代支付系統與第一代區別如下：
2002年上線執行的人行第一代支付系統主要包括大額支付系統、小額支付系統和全國支票影像交換系統三個應用系統。2009年人行決定立足第一代支付系統的成功經驗，建設適應新興電子支付發展的、面向參與者管理需要的、功能更完善、架構更合理、技術更先進、管理更簡便的第二代支付系統，並取代第一代支付系統成為國內各商業銀行辦理跨行支付業務的核心和主要渠道。
第二代支付系統在繼承了一代各業務系統功能的同時，引入了先進的支付清算管理理念和技術標準，採用了金融業通用報文方案（ISO20022標準），提供全面的流動性管理及連線第三方支付組織的介面，使得其在降低商業銀行清算賬戶管理風險和支援新興電子支付業務的發展上，具有不可替代的優勢。
二代支付系統的改進主要體現在：一是支援商業銀行以法人為單位一點集中接入。總部及其分支機構的支付業務可以集中透過一個賬戶完成處理，這樣有利於提高業務處理效率，也有利於提高資金使用效率。總部的資金管理部門可以方便地監測全行的流動性使用情況，更加靈活地排程資金。二是提供更加豐富的流動性管理功能。第二代支付系統新增了大額支付系統排隊業務撮合、“資金池”管理、“一攬子”流動性實時查詢等功能，清算效率提高。三是支援線上支付業務的跨行處理。客戶透過開戶銀行的網上銀行或自助服務終端發起跨行支付業務後，在很短時間之內就可以瞭解資金到賬情況，有助於改進客戶網上支付體驗，促進電子商務發展。四是系統執行維護更加高效。第二代支付系統的風險預警能力和執行監控效率都有很大提高，系統執行更加安全、穩定。五是系統備份功能更加健全。第二代支付系統以生產為中心，以遠端備份中心和同城資料中心為架構，具有健全的生產恢復能力，確保突發事件發生時支付業務的連續處理及資訊資料的安全完整。六是採用國際通用的報文標準。第二代支付系統的報文標準採用國際通用的ISO20022報文規範，有利於各系統之間的互聯互通，如計劃透過第二代支付系統與有關外幣清算系統對接，實現本外幣交易的PVP（同步收付）結算，提高本外幣交易的結算效率，防範結算風險。