電機是電動腳踏車的主要動力驅動部份，也就是電動腳踏車的心臟。電機好壞直接影響著電動腳踏車的效能。

據業內專家介紹，目前國內電動腳踏車所用電機主要有有刷電機和無刷電機兩種；有刷電機又有高速和低速之分。

有刷低速電機被電動腳踏車選用又名無刷無齒電機，它在電動腳踏車起動與爬坡時電流較大，效能較弱，目前一般極少被廠家採用。

有刷高速電機（3600轉/分鐘左右）目前被國內大多數電動腳踏車生產廠家所選用，它採用碳刷作為電機電源的兩個觸點，利用調速轉把和控制器來控制，透過齒輪二次減速及超越離合器來達到電動腳踏車0－20公里/小時的無極調速。目前採用的這種有刷高速電機含金量高，電機減速齒輪強度較強，耐磨性好，設計合理，故返修率較低；而且維修更換齒輪和電機的成本較少，有效的降低了電動腳踏車的維修費用；並且有刷電機可以透過超越離合器和飛輪實現輕鬆人力騎行。

無刷電機目前被電動腳踏車生產廠家採用的一般都是無刷無齒電機。它的轉速控制系統的造價比有刷高速電機的轉速控制系統要高，控制器在使用中容易發生故障。裝有無刷電機的電動腳踏車行駛速度必須達到35公里/小時以上時，才能發揮其最佳的工作效率，但是我們知道電動腳踏車作為非機動車來管理，時速必須在20公里/小時以下，故無刷電機被電動腳踏車選用降低了工作效率，可取性不強。現在它被採用的主要一點是噪音小。