檔案目錄結構又稱檔案索引結構，分有一級檔案索引、二級檔案索引和三級檔案索引三種。

一級檔案索引（直接索引）結構中：在檔案目錄表項中有一組表項用於索引，每一個表項登記的是邏輯記錄所在的磁碟塊號。邏輯記錄與磁碟塊號的大小相等，都為512B。一級索引是在建立表啟用後由系統自動建立的，具有穩定、資料含量大的優點，缺點是不可修改且檢索效率低。

二級檔案索引（一級間接索引）結構中：檔案目錄中有一組表項，其內容登記的是第一級索引表塊的塊號。第一級索引表塊中的索引表登記的是檔案邏輯記錄所在的磁碟塊號。二級索引優點為可供使用者修改，但缺點是安全效能和穩定性低。

三級檔案索引（二級間接索引）結構中：檔案目錄項中有一組表項，其內容登記的是第二級索引表塊的塊號。第二級索引表塊中的索引表項登記的是第一級索引表塊的塊號，第一級索引表項中登記的是檔案邏輯記錄所在的磁碟塊號。該結構檢索效率高，但是資料含量少。

擴充套件資料

檔案目錄結構三者屬於漸進關係，構建下一級的檔案索引需先完全構建上一等級的目錄結構方可構建。檔案索引結構是指一個檔案的資訊存放在若干不連續的物理塊中，系統為每個檔案建立一個專用的資料結構——索引表，並將這些塊的塊號存放在索引表中。