IT企業中，矩陣組織有許多優點:

1)強調了專案組織是所有有關專案活動的焦點，具有一個正式指定的專案經理會使他對專案給予更強的關注，負責協調和整合不同部門的工作。

2)專案經理擁有對撥給的人力、資金等資源的最大控制權，每個IT專案都可以獨立地制訂自己的策略和方法。

3)提供了人力利用的靈活性，對所有計劃可按需要的相對重要性使用專門人才。

4)當有多個IT專案同時進行時，公司可以平衡資源以保證各個專案都能完成其各自的進度、費用及質量要求。

5)當指定的IT專案不再需要時，專案人員有其職能歸宿，大都返回原來的職能部門。專案組成員對專案結束後的憂慮減少，他們一方面與專案有很強的聯絡，另一方面他們對職能部門也有一種“家”的感覺。

6)由於關鍵技術人員能夠為各個IT專案所共用，可減少組織中人員冗餘的問題，充分利用了人才資源，使專案費用降低，又有利於專案人員的成長和提高。

7)透過內部的檢查和平衡，以及專案組織與職能組織間的經常性的協商，可以得到時間、費用以及執行的較好平衡。

但矩陣組織也有一些缺點:

1)是矩陣結構加劇了職能經理和擁有關鍵技能與看法的專案經理之間的緊張局面。

2)是任何情況下的跨專案分享裝置、資源和人員都會導致衝突和對稀缺資源的競爭。

3)每個IT專案是獨立進行的，容易產生重複性勞動。

4)是在專案執行過程中，專案經理必須就各種問題與部門經理進行談判和協商，從而導致決策的制定被耽誤。

5)對時間、費用以及執行引數的平衡必須加以監控，以保證不因時間和費用而忽視技術執行。

一般來講，職能式結構有利於提高效率，專案單列式結構有利於取得效果。矩陣式結構兼具兩者優點，但也帶來某些不利因素。例如，各個IT專案可能在同一個職能部門中爭奪資源;一個成員有兩個頂頭上司，既難處，也難管。