武器並不落後，軍隊總數在60到80萬之間，左，李，鄭，馬，四大軍系裝備資金最強的是鄭，規模最大的是左良玉，最能打的李定國，剩下的馬最打醬油。

永曆是南明最後一個皇帝，他生性懦弱膽小，聞警即逃，完全無法擔負起領導抗清的重任，所以直接擁護他的兵馬和土地很快就損失得差不多了，在他當皇帝的十六年中，大部分時間不是流亡，就是做傀儡。

永曆一輩子都在顛沛流離，如果可以，他肯定不想當皇帝

1646年十月，因隆武帝被清軍殺害，兩廣總督丁魁楚、廣西巡撫翟式耜擁立桂王（封地在湖南衡州）朱由榔即位，年號永曆。湖廣督師何騰蛟、湖廣巡撫堵胤錫也表示支援。也就是說，永曆即位初期，直接統治的地區有廣東、廣西、湖南大部（湖廣北部即湖北以及湖南嶽州已經被清軍佔領）。

永曆剛繼位時的領土。這圖上其實有很多地方並非永曆管轄，雲貴川都只是名義上的

至於兵力就不大好算。湖廣方面：名義上屬於永曆的大順軍餘部“忠貞營”號稱三十萬，實際上約有十餘萬。何騰蛟自己的直屬兵力有三萬餘人，還有湖南原有明軍，號稱十三鎮，估計總兵力在十萬以上。兩廣方面兵力不詳，不過至少也有數萬人。

但是這些地方丟得很快。

由於永曆政權腐敗，軍隊無能，沒幾個月就只剩下桂林、柳州等一部分廣西地區了。雲南已是大西軍地盤，貴州全是土司，四川鞭長莫及

1646年十二月，清軍李成棟部（4100餘人）從江西贛州入粵，滅掉了正和永曆爭奪皇位的紹武政權（只存在了一個多月），相繼佔領廣州、韶州。1647年正月，明軍軍無戰心，李成棟相繼佔領永曆政權的臨時都城肇慶、廣西巡撫駐地梧州、雷州半島。四月佔領瓊州（海南島）。整個廣東全部淪陷，永曆帝逃到湖南的武岡州，成為當地軍閥劉承胤的傀儡。

1647年二月，清軍孔有德、耿仲明、尚可喜三王從湖北進攻湖南，何騰蛟部不堪一擊，九天就丟了長沙，接著清軍不戰而取常德、衡州（衡陽），這時才四月中旬，清軍因畏熱暫停進攻。中秋後清軍再度進攻，佔領了除湘西土司以外的整個湖南。明軍僅僅投降的就有軍官二千餘人，士兵六萬八千人，可以說除了忠貞營，何騰蛟的十三鎮大部分都完蛋了。

1647年八月，孔有德進攻武岡，劉承胤戰敗投降，還想獻出永曆帝。不過訊息走漏，永曆帝逃往柳州，太子被清軍俘虜。十一月，耿仲明進攻廣西全州，幸好被大順軍餘部郝搖旗擊敗，永曆帝才終於在廣西暫時站穩陣腳。

但好景不長，十二月，李成棟第二次佔領梧州，全州明軍主力撤往桂林，留守將領投降耿仲明，防守興安的何騰蛟棄城而逃。1648年二月，清軍進攻永曆帝的臨時都城桂林，永曆帝逃到南寧。其實清軍兵力很少，被守城的翟式耜擊退。

清王朝苛待降將終於引發了反彈，永曆帝坐享其成，又恢復了原來的基本盤

不過這時候，清王朝長期重滿輕漢、重遼東降將輕入關後降將的矛盾大爆發，1648年金聲桓、王得仁在南昌反正，其兵力號稱二十餘萬，江西、湖北、安徽很多州縣響應；三月李成棟在廣州以廣東全省反正；十二月姜瓖山西大同反正。孔有德等三王只得撤回湖北，永曆帝又回到肇慶，基本恢復了原來的轄區。

不過永曆政權內部爭權奪利，矛盾重重，坐失良機。1649年正月，金、王因為沒有援軍而被鎮壓，反攻湖南的何騰蛟在湘潭被俘殺；三月，李成棟兵敗身死。1650年十一月，清軍攻克廣州、桂林。1651年正月，清軍佔領梧州，瓊州投降。永曆政權基本上損失了絕大部分土地和兵力，瀕臨瓦解。

1651年，朱由榔被孫可望武力綁架到安龍府，然後被軟禁了三年。南明繼續丟城失地，眼看著越來越小了

這個時候，佔領雲貴的大西軍餘部主動聯明抗清，把永曆帝變成了傀儡。當然這時候永曆帝“無尺土一民”，隨行的官員、家眷、士兵加一塊也不到三千人，只有當傀儡才能活下去，也沒有什麼選擇的餘地了。

大西軍號稱有三十萬大軍，戰鬥力較強，多次擊敗清軍，收復兩廣、湖南許多地區。此後，永曆政權基本是一個寄人籬下的狀態，處於大西軍的控制之下；川東主要是大順軍餘部夔東十三家，遙遵永曆；金門、廈門的鄭成功，也是遙遵永曆。後兩個雖然有一二十萬軍隊，但永曆實際上是完全指揮不了的。

大西軍李定國相繼收復湖南、廣西，名震天下。東南沿海的鄭成功、張名振也乘機襲擾江南

但是，南明的劣根性——內鬥再次毀了大好形勢。兩位大西軍領袖孫可望和李定國內訌，孫可望失敗降清，他深知西南軍情虛實，因此讓李定國吃了大虧。1658年，清軍三路大軍攻入雲南，雲貴淪陷。

清明戰爭打到後期，實際上已經是比爛了。雙方的軍隊都不咋樣，但南明政治更混亂，更腐敗，而清王朝處於上升期，所以南明最終滅亡了

膽小的永曆帝逃到緬甸，吳三桂攻入緬甸，緬甸把永曆帝獻給吳三桂，1662年6月1日，永曆帝被吳三桂用弓弦勒死，這時候明朝皇統徹底滅亡。基本上全國地區都被清軍佔領了。