正迴圈鑽機和反迴圈鑽機，都是透過鑽井液(泥漿)的迴圈進行保護鑽井井壁和出渣的，即透過鑽井液(泥漿)的迴圈，把鑽孔裡的鑽渣帶出來。它們在鑽進成孔的工藝上是相同的，適用的地層也基本相同。不同的就是鑽井液(泥漿)的迴圈方式。正迴圈鑽機的鑽井液(泥漿)是由泥漿泵從泥漿池裡抽到鑽桿裡，透過鑽桿不斷的輸送到鑽井裡，然後從鑽井井口自然的排出來，同時把鑽渣帶出到地面上來。由於它是靠鑽井液(泥漿)的自然迴圈方式排渣，所以迴圈能力和排渣能力都比較弱，只能排出一部分鑽渣，而且顆粒比較大的鑽渣也不能排出來，鑽井裡殘留的鑽渣比較多，影響了鑽進速度，鑽具的磨損也比較大。

反迴圈鑽機的鑽井液(泥漿)的迴圈方式則正好相反，它的鑽井液是用泥漿泵從鑽井的井口(鑽桿外面)向鑽井裡輸送，再用壓縮空氣或泥漿泵，從鑽桿的中間抽出來，所以迴圈能力和排渣能力都比較強，不但排渣比較乾淨，而且顆粒比較大的鑽渣也能排出來，像雞蛋大的鑽渣都能排出來。所以更適合於在卵石層等顆粒比較大的地層中鑽進成孔。

兩者比較，正迴圈鑽機排渣能力比較弱，但工藝比較簡單，容易操作，正迴圈鑽機的價格也比較便宜;反迴圈鑽機排渣能力比較強,但工藝比較複雜,操作不當容易引起塌孔埋鑽,而且反迴圈鑽機的價格比較高。正迴圈鑽機只要用一臺泥漿泵，而反迴圈鑽機則需要兩臺泥漿泵，或一臺泥漿泵和一臺空氣壓縮機。