由魚缸底部水孔下方排水閥控制，可以外接水管吧水引到住家的排水孔。底濾是魚缸過濾方式的一種，可以為濾材提供的空間最大，有利於硝化細菌的培養，缺點是體積巨大，要佔用魚缸底櫃空間並且對水泵要求較高。通常設有物理過濾區、生物過濾區、器材區、沉澱倉。

底濾的優點：底濾為濾材提供的空間最大，所以處理能力是最強的(注意不是效率)！有利於硝化細菌的培養。一般來說底濾有3格或者4格。

濾材的擺放順序為：第一格，白棉、藤棉，第二格；細菌屋、陶瓷環、玻璃環、濾球等（可以選一種，也可以搭配使用）；第三格，如果是最後一格，則可以放泵和加熱棒，如果不是，也可以放細菌屋等或是麥飯石；但是最後需要留一格放泵和加熱棒。

擴充套件資料：

硝化細菌對魚有害的原因：

1.魚類的排洩物和未吃過的食物將會轉變為氨（俗稱阿摩尼亞）；那是因為在這些東西里需要氧的細菌會令蛋白質分裂。而氨是有毒的。

2.生存於氧氣中的硝化細菌，能把氨會轉變為亞硝酸鹽（NO2-）；亞硝酸鹽雖然僅有較小的毒性，但仍對魚類有致命的毒害。

3.亞硝酸鹽及後又被第二種硝化細菌轉變為硝酸鹽（NO3-）；而這硝酸鹽幾乎是無毒的，但突然或長期暴露在高濃度的硝酸鹽裡是有害的。但幸運地，硝酸鹽的濃度是可以靠更換魚缸的水來降低。

4.硝酸鹽等會被不依附氧氣而生存的細菌（厭氧性細菌）變為氮氣而揮發，這就是一個完整的「氮化合物迴圈」。