何琦,字萬倫,司空充之從兄也。祖父龕,後將軍。父阜,淮南內史。琦年十四喪父,哀毀過禮。性沈敏有識度,好古博學,居於宣城陽穀縣,事母孜,朝夕色養。常患甘鮮不贍,乃為郡主簿,察孝廉,除郎中,以選補宣城涇縣令。司徒王導引為參軍,不就。及丁母憂,居喪泣血,杖而後起,停柩在殯,為鄰火所逼,煙焰已交,家乏僮使,計無從出,乃匍匐撫棺號哭。

俄而風止火息,堂屋一間免燒,其精誠所感如此。服闋,乃慨然嘆曰：“所以出身仕者,非謂有尺寸之能以效智力,實利微祿,私展供養。一旦煢然,無復恃怙,豈可復以朽鈍之質塵默清朝哉!”於是養志衡門,不交人事,耽玩典籍,以琴書自娛。不營產業,節儉寡慾,豐約與鄉鄰共之。

鄉里遭亂,姊沒人家,琦惟有一婢,便為購贖。然不為小謙,凡有贈遺,亦不苟讓,但於己有餘,輒復隨而散之。任心而行,率意而動,不占卜,無所事。司空陸玩、太尉桓溫並辟命,皆不就。詔徵博士,又不起。簡文帝時為撫軍,欽其名行,召為參軍,固辭以疾。公車再徵通直散騎侍郎、散騎常侍,不行。

何琦,字萬倫,是司空何充的堂兄。祖父何龕,是後將軍。

父親何阜,淮南郡的內史（相當於太守,有王的郡,郡守稱內史）。何琦十四歲喪父,傷痛哀毀超過（一般的）喪禮。何琦的性格沉靜靈敏又有知識度量,愛好古典,又學問廣博。