房屋徵收補償協議的主體是房屋徵收部門和被徵收人。需要強調的是，徵收補償協議的一方主體是市、縣級人民政府確定的房屋徵收部門，而非作出徵收決定的市、縣級人民政府本身。簽訂補償協議是一種法律行為，要求雙方當事人應當具有相應的權利能力和行為能力。不具有機關法人資格的政府工作部門不得被確定為房屋徵收部門，不能參與房屋徵收法律關係成為補償協議當事人。《物權法》第93條規定：“不動產或者動產可以由兩個以上單位、個人共有。共有包括按份共有和共同共有。”第94條規定：“按份共有人對共有的不動產或者動產按照份額享有所有權。”第95條規定：“共同共有人對共有的不動產或動產共同享有所有權。”第97條規定：“處分共有的不動產或動產以及對共有的不動產或者動產作重大修繕的，應當經佔份額三分之二以上的按份共有人或者全體共同共有人的同意，但共有人之間另有約定的除外。”因此，政府在徵收設有共有關係的房屋時，應當與全體共同共有人簽訂徵收補償安置協議，切忌漏列當事人。

市、縣人民政府國土資源行政主管部門應當將擬定的土地徵收補償安置方案在農村集體經濟組織所在地進行公示，公示期不得少於5個工作日。農村集體經濟組織、農民或者其他權利人對補償標準和安置方式沒有異議的，由市、縣人民政府國土資源行政主管部門和財政部門與農村集體經濟組織簽訂土地徵收補償安置協議。