GitHub for Windows 是基於 msysGit 的。

MSYS(MSYS | MinGW) 是一個在 Windows 下的 UNIX-like 工作環境。因為 Git 裡面包含很多 Shell 跟 Perl 指令碼，所以它需要一個這樣的環境。(What is this MSys thing in MSysGit · msysgit/msysgit Wiki · GitHub)。而 msysGit 還有個叫法是 Git for Windows，按照官方的說法，

msysGit is a build environment that includes all the tools necessary for developers who want to contribute by writing code for Git for Windows.

所以，Git for Windows 可以在 Windows 上安裝可執行 Git 的最小環境，而 msysGit 是構建 Git for Windows 所需的環境。你所指的應該是 Git for Windows 以及它附帶的 Git GUI 什麼的。

GitHub for Windows 除了剛出的時候下來瞟了一眼就再沒用過，但是根據 Projects that power GitHub for Windows · GitHub 猜測，它是大部分基於 libgit2、libgit2sharp，小部分基於 msysGit 提供的 git 命令。使用上，它應該針對 Github 做了點使用者體驗上的最佳化吧。

呃...好吧說得有點偏...如果工作在 Windows 下的話我也只需要一個 Git BASH 就夠了吧，因為沒必要用 GUI。所以，兩者裝哪個都可以。