稽核的基本方法是抽樣，但在稽核過程中如何抽取檔案資料樣本、裝置型號、工具編號、查證記錄、發現問題和獲取客觀證據，則需根據實際情況和所掌握的稽核技術來選擇適宜的方法（實際上，這在編制審檢表時就應考慮好）。

下面介紹常用的稽核方法。(1)按操作流程自上而下或自下而上的稽核方法 按操作流程是指按生產流程的順序依次進行稽核的方法。它包括自上而下即自原材料生產至最終產品產出，或自下而上即自最終產品產出逆向而上到原材料生產兩種方法。(2)按要素稽核的方法 按要素稽核是指以要素為中心，對該要素所涉及的部門皆進行稽核，這往往出現這樣局面：一個要素涉及多個部門，要到不同部門去稽核才能完成此要素的稽核；一個部門涉及有多個要素要求，則需接受多次重複稽核才能最終完成受審任務。(3)按部門稽核的方法 按部門稽核是指以部門為中心，對該部門所有活動和所涉及的要素一次稽核清楚，不再反覆去該部門調查，然後按要素把該部門稽核的結果彙總起來，得出該部門的稽核結論。(4)順藤摸瓜稽核方法 這種方法是以問題線索為主導，深入追查或核實。稽核員先到資訊集中的部門進行稽核，根據這一部門的有關資訊發現體系中可能存在的問題，並就某些資訊的落實和實施情況到有關部門進行核查。有時問題線索會超出核查表範圍甚至某個稽核員的分工範圍，這種情況下，不妨改變計劃緊追不捨或通知其他稽核員就發現的問題繼續核查。(5)現場掃描稽核方法 現場掃描是以全面觀察現場現象為主的稽核方法。這種方法是稽核員到作業現場後，先對作業現場概況進行掃描，然後抽取一定的樣本進行核查。標準的一些要素的要求，如執行控制、檢查與糾正措施等，只有透過現場掃描，才能獲得客觀證據，得出準確結論。