NTFS與FAT32是兩種不同的磁碟檔案系統格式，就像兩個不同的圖書館，他們書架的擺放，尺寸各不相同，管理方式也各不相同。 一：支援分割槽大小不一樣 NTFS可以支援的分割槽(如果採用動態磁碟則稱為卷)大小可以達到2TB（2048GB）,而Windows 2000中的FAT32支援分割槽的大小最大為32GB。 二：針對電腦使用者的加密方式不一樣 可以針對電腦使用者對該格式下所有的資料夾、檔案進行加密、修改、執行、讀取目錄及寫入許可權的設定。此外，在磁碟分割槽下任意資料夾或檔案上右鍵屬性，在高階屬性視窗中勾選中加密內容以便保護資料即可做到加密。 FAT32檔案安全設定：不支援； NTFS檔案安全設定：支援。 三：對於磁碟的空間利用率不一樣 在一臺電腦有多個使用者使用時，而作為系統管理員，可以給使用者設定不同的磁碟空間容量，被設定使用者只能使用這個被限額的磁碟空間。 在Windows2000的FAT32檔案系統的情況下,分割槽大小在2GB～8GB時簇的大小為4KB；分割槽大小在8GB～16GB時簇的大小為8KB；分割槽大小在 16GB～32GB時,簇的大小則達到了16KB。 而Win 2000的NTFS檔案系統，當分割槽的大小在2GB以下時,簇的大小都比相應的FAT32簇小;當分割槽的大小在2GB以上時(2GB～2TB),簇的大小都為4KB。 相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁碟空間，最大限度地避免了磁碟空間的浪費。 四：產生的碎片及空間也不一樣 從FAT16的檔案系統格式，到之後的FAT32然後再到現在的NTFS檔案系統格式，我們就會發現從磁碟分割槽的格式不同，那麼所產品的磁碟碎片也是越來越小。FAT32磁碟碎片：產生的磁碟碎片一般，NTFS磁碟碎片：產生的磁碟碎片較少。 NTFS目前多用於電腦、行動硬碟等各種大中型空間容量的磁碟，FAT32卻多用於隨身碟、記憶體卡等小型磁碟。 綜上，我們可以看出：NTFS檔案系統與FAT檔案系統相比，功能更強大，適合更大的磁碟及分割槽，且磁碟利用率還很高，安全性與穩定性也槓槓的，想較FAT32是更為完善和靈活的檔案系統。