如果其中一個不存在，那麼EFS自動為使用者生成加密金鑰對。EFS可使用擴充套件的資料加密標準(DESX)或3DES作為加密演算法。可在Windows資源管理器中使用加密服務。也可以用命令列功能cipher加密檔案或資料夾。有關cipher命令的詳細資訊，請在命令列提示符鍵入cipher/?。正如設定其他任何屬性（如只讀、壓縮或隱藏）一樣，透過為資料夾和檔案設定加密屬性，使用者可以對資料夾或檔案進行加密。如果使用者加密了資料夾，那麼創建於此資料夾和新增到此資料夾中的所有檔案和子資料夾都會自動被加密。建議使用者在資料夾一級進行加密。被壓縮的檔案或資料夾也可以加密。如果使用者標記要加密的壓縮檔案或資料夾，則該檔案或資料夾將會被解壓。同樣，標記為加密的資料夾並未真正被加密。只有資料夾內部的檔案、在資料夾中建立的新檔案和移動到資料夾中的檔案才會被加密。訪問加密的資料使用者可以象訪問未加密的檔案那樣訪問加密檔案。因此，當用戶訪問儲存在磁碟上的加密檔案時，可以按正常的方式讀取檔案的內容。當用戶再次把檔案儲存到磁碟時，EFS會將檔案再次加密。複製、移動或重新命名已加密資料將未加密檔案複製或移動到已加密資料夾中，將會在新檔案中自動加密這些檔案。然而，反向操作則不能自動解密檔案。檔案保持加密屬性直至其明確解密或將其移動到非NTFS格式卷中。同樣，對加密檔案重新命名也不會改變它的加密狀態。解密資料可透過清除檔案屬性對話方塊中的加密複選框來解密檔案。一旦檔案被解密，則會保持其未加密狀態直到對其再次加密。檔案不能自動重新加密，即使檔案位於標記加密的目錄中亦是如此。