最後，人類在利益的驅動下，派遣了戰機去摧毀Na"vi族人所生存的一個巨樹，儘管傑克等人一再爭取希望可以不要那麼做，但是採礦公司還是決意要去摧毀。傑克與他們協商自己去和Na"vi族人協商讓Na"vi族人離開那顆大樹，然而當他說明了一切之後，Na"vi族人都很憤怒，特別是傑克喜歡的那個Na"vi族人女孩也是很憤怒，Na"vi族人就把傑克和一名女教授一起捆在了刑架上了，採礦公司派遣的戰機發現他們協商失敗了。於是就下令開火，摧毀了他們前進的障礙——Na"vi族人賴以生存的那棵巨樹，Na"vi族人的領袖也被炮火炸死。

　　沒有了生存之地的Na"vi族人被迫暫居神樹之下。而傑克等人的正義行為因為和採礦公司的利益相沖，被他們關了起來。後來，他們藉機駕機逃跑了，傑克騎著“Wraith”到達了Na"vi族人暫居的神樹下，呼籲Na"vi族人作出反抗，他終於又得到Na"vi族人的信任。在他的呼籲下，他們聯絡了潘多拉星球上了其他民族的人，一起組建了一支幾千人的反抗軍，形成了陸空兩路的防線。採礦公司的軍隊也發現了Na"vi族人的反抗跡象，他們迅速裝填了大量的高烈性炸藥，準備提前消滅Na"vi族人。。。於是，Na"vi族人的反抗聯盟和採礦公司的軍隊展開了血戰，結果，Na"vi族人反抗軍最終打敗了人類，而人類的軍隊指揮也被殺死，Na"vi族人在傑克的幫助下，將遣送採礦公司全部離開潘多拉星球。在Na"vi的精神領袖的帶領下，Na"vi族人用自己的感受器（辮子）與神樹相連，藉助神樹的力量，將傑克·薩利的精神（靈魂）轉移到他的阿凡達身上，傑克最終成為了這個星上Na"vi人的領袖。

　　這是《阿凡達》的主要內容，寓意應該是我們不應該掠奪本不屬於自己的東西，不應該破壞生態平衡。