正迴圈是沖洗液由泥漿泵透過鑽桿送入孔底，再從孔底從孔內上返到地面；反迴圈的沖洗液剛好與正迴圈的路由相反。 一般施工中都是用反迴圈的

[正迴圈旋轉鑽孔]：泥漿由泥漿泵以高壓從泥漿池輸進鑽桿內腔，經鑽頭的出漿口射出。底部的鑽頭在旋轉時將土層攪松成為鑽渣，被泥漿懸浮，隨泥漿上升而溢位，經過沉漿池沉澱淨化，泥漿再迴圈使用。井孔壁靠水頭和泥漿保護。

[反迴圈旋轉鑽孔]：泥漿由泥漿池流入鑽孔內，同鑽渣混合。在真空泵抽吸力作用下，混合物進入鑽頭的進渣口，經過鑽桿內腔，泥石泵和出漿控制筏排洩到沉澱池中淨化，再供使用。由於鑽桿內徑較井孔直徑小得多，故鑽桿內泥水上升比正迴圈快4~5倍，在橋樑鑽孔樁成孔中處於主導地位。 反迴圈鑽在軟塑土、鬆散的沙、礫、卵及含有長木棒、樹根等一雜物的墊土層中鑽進，當泥漿效能較差、迴圈流量（流速）不當時很易發生坍塌。

主要是泥漿迴圈方式不同，將旋轉鑽孔機分為正迴圈鑽進和反迴圈鑽進。

正迴圈鑽進是泥漿自供應池由泥漿泵泵出，輸入軟管送往水龍頭上部進口，再注入旋轉空心鑽桿頭部，透過空心鑽機一直流到鑽頭底部排出，旋轉中的鑽頭將泥漿潤滑，並將泥漿擴散到整個孔底，攜同鑽碴浮向鑽孔頂部，從孔頂溢排地面上泥漿槽。

反迴圈鑽進與正迴圈鑽進的差異在鑽進時泥漿不經水龍頭直接注入鑽孔四周，泥漿下達孔底，經鑽頭拌和使孔內部漿液均勻達到擴壁，潤滑鑽頭，浮起鑽碴，此時壓縮空氣不斷送入水龍頭，透過固定管道直到鑽頭頂部，按空氣吸泥原理，將鑽渣從空心鑽桿排入水龍頭軟管溢位。