內在聯絡是：都可以表示兩個量的倍比關係，百分數是特殊的分數。

不同點：

一、從表示的意義上區別。百分數是表示“一個數是另一個數的百分之幾的數”，也叫做百分率或百分比，它只表示兩個數量間的倍比關係；分數是把單位“１”平均分成若干份，表示這樣的一份或幾份的數，它即可表示兩個數量間的倍比關係，又可表示具體數值。

二、從寫法上區別。百分數通常不寫成分數形式，而是去掉分數線和分母，在分子後面寫上百分號“％”。如百分之六十二，寫成62％，而不寫成75/100。

三、從單位名稱上區別。百分數只表示兩個數量間的倍比關係，是個不名數，後面不帶單位名稱。分數則不同，如果表示具體的數量，就是名數，就要帶單位名稱；如果表示兩個數量間的倍比關係，就是不名數，不帶單位名稱。

四、從表現形式上區別。百分數的分母固定為100，並且用百分號表示，分子可以是整數，也可以是小數，可以大於分母，也可以小於分母；百分數不能約分，也不能寫成帶分數形式。分數的表現形式有真分數、假分數和帶分數，計算結果一般要化成最簡分數，若是假分數通常要化成帶分數。

五、從應用上區別。百分數主要用於調查統計、分析比較；分數則主要是在測量和計算中得不到整數結果時使用,也可以用於分析比較。