亞馬遜河的源頭是在安地斯山脈區中一個海拔5,597米的密斯米雪山的一條小溪，距離的的喀喀湖約160千米，距利馬約700千米，密斯米雪山作為源頭是在1971年第一次認定，後來更精確的源頭位置又在1996年、2000年和2007年被多次重新確定。溪水先流入勞裡喀恰湖，再進入阿普里馬克河，阿普里馬克河匯入烏卡亞利河，烏卡亞利河再與馬拉尼翁河匯合成亞馬遜河主幹流。從馬拉尼翁河的支流瓦利亞加河以下，河流就從安第斯山區進入沖積平原，從這裡到秘魯和巴西交界的雅瓦里河，大約有2400千米的距離，河岸低矮，兩岸森林經常被水淹沒，只是偶爾有幾個小山包，亞馬遜河已經進入了亞馬遜熱帶雨林中了。由於亞馬遜河的流量巨大，所以距河口150千米內的海水都不鹹，海水含鹽量相當低，主河道有1.5到12千米寬，從河口向內河有3,700千米的航道，海船可以直接到達秘魯的伊基託斯，小一點的船可以繼續航行780千米到達阿庫阿爾角，再小的船還可以繼續上行。亞馬遜河從北緯5度伸展到南緯20度，源頭在安第斯山高原中，離太平洋只有很短的距離，經過秘魯和巴西在赤道附近進入大西洋。擴充套件資料下游亞馬遜河在有些地方河寬達6到10千米，有的地方河水分為兩股，中間形成複雜的自然河網，形成許多大小島嶼，比河面高出不到5米，在最窄的地方，如離河口600千米的奧比多斯，河流只有1.6千米寬，但有60米深，這時河水流速達到每小時6至8千米。加拿利亞村在內格羅河和主幹流匯合的大彎道附近，直到下游1,000千米地方，和亞馬遜河的河口附近相似，地勢低窪，廣大區域都淹沒在水中，森林只有樹的上半部伸出水面。從內格羅河到馬代臘河河岸低矮，只有巴西城市瑪瑙斯附近才有一些起伏的山地，在奧比多斯附近有一個陡峭的懸崖，有20米高，後面是低矮的山地。亞馬遜河下游可能以前是大西洋的一個海峽。只有不到10%的亞馬遜河河水流入奧比多斯以下的流域，有很少量的水是來自北方山谷奧比多斯以上的流域有5百萬平方千米，以下只有一百萬平方千米，只有上游的20%。這沒有算上緊口河口的支流託坎廷斯河流域的一百萬平方千米。在下游興古河對面的北岸有許多平頂的小山，延展大約有240千米。興古河以上的南岸是阿勒格爾山，一路的峭壁約束著亞馬遜河的河岸，直到聖塔侖，然後折向西南，形成另一條支流塔帕若斯河的河谷。
亞馬遜河的源頭是在安地斯山脈區中一個海拔5,597米的密斯米雪山的一條小溪，距離的的喀喀湖約160千米，距利馬約700千米，密斯米雪山作為源頭是在1971年第一次認定，後來更精確的源頭位置又在1996年、2000年和2007年被多次重新確定。溪水先流入勞裡喀恰湖，再進入阿普里馬克河，阿普里馬克河匯入烏卡亞利河，烏卡亞利河再與馬拉尼翁河匯合成亞馬遜河主幹流。從馬拉尼翁河的支流瓦利亞加河以下，河流就從安第斯山區進入沖積平原，從這裡到秘魯和巴西交界的雅瓦里河，大約有2400千米的距離，河岸低矮，兩岸森林經常被水淹沒，只是偶爾有幾個小山包，亞馬遜河已經進入了亞馬遜熱帶雨林中了。由於亞馬遜河的流量巨大，所以距河口150千米內的海水都不鹹，海水含鹽量相當低，主河道有1.5到12千米寬，從河口向內河有3,700千米的航道，海船可以直接到達秘魯的伊基託斯，小一點的船可以繼續航行780千米到達阿庫阿爾角，再小的船還可以繼續上行。亞馬遜河從北緯5度伸展到南緯20度，源頭在安第斯山高原中，離太平洋只有很短的距離，經過秘魯和巴西在赤道附近進入大西洋。擴充套件資料下游亞馬遜河在有些地方河寬達6到10千米，有的地方河水分為兩股，中間形成複雜的自然河網，形成許多大小島嶼，比河面高出不到5米，在最窄的地方，如離河口600千米的奧比多斯，河流只有1.6千米寬，但有60米深，這時河水流速達到每小時6至8千米。加拿利亞村在內格羅河和主幹流匯合的大彎道附近，直到下游1,000千米地方，和亞馬遜河的河口附近相似，地勢低窪，廣大區域都淹沒在水中，森林只有樹的上半部伸出水面。從內格羅河到馬代臘河河岸低矮，只有巴西城市瑪瑙斯附近才有一些起伏的山地，在奧比多斯附近有一個陡峭的懸崖，有20米高，後面是低矮的山地。亞馬遜河下游可能以前是大西洋的一個海峽。只有不到10%的亞馬遜河河水流入奧比多斯以下的流域，有很少量的水是來自北方山谷奧比多斯以上的流域有5百萬平方千米，以下只有一百萬平方千米，只有上游的20%。這沒有算上緊口河口的支流託坎廷斯河流域的一百萬平方千米。在下游興古河對面的北岸有許多平頂的小山，延展大約有240千米。興古河以上的南岸是阿勒格爾山，一路的峭壁約束著亞馬遜河的河岸，直到聖塔侖，然後折向西南，形成另一條支流塔帕若斯河的河谷。