紅外光譜指紋區（1300~400cm-1，7.69~ 25微米）吸收峰的特徵性強，可用於區別不同化合物結構上的微小差異。猶如人的指紋，故稱為指紋區。

指紋區的情況不同，該區峰多而複雜，沒有強的特徵性，主要是由一些單鍵C-O、C-N和C-X(鹵素原子)等的伸縮振動及C-H、O-H等含氫基團的彎曲振動以及C-C骨架振動產生。當分子結構稍有不同時，該區的吸收就有細微的差異。

指紋區對於區別結構類似的化合物很有幫助。透過指紋區査找相關吸收峰以進一步佐證特徵區確定的基團或化學鍵的存在，同時還可以確定化合物的細微結構。在利用紅外光譜鑑定結構和醫學領域都有著廣泛的應用。

擴充套件資料

紅外譜圖特點

1、多峰性。產生於C-C，C-X（X可以是鹵素，氧，氮，磷原子等）單鍵的伸縮振動和變形振動，以及彎曲振動和伸縮振動之間發生相互作用產生的一些倍頻振動等都在此狹窄範圍內反映出來，使這個區域的光譜極為複雜。

2、峰特徵性。由於分子中諸多振動形式的存在，以及不同結構分子間偶合作用、電子誘導效應、共軛效應、氫鍵效應，使得同系物在該區的譜接峰位置、強度形態也不會相同，可以彌補官能團區資料的不足。

3、峰移動性。官能團區基團頻率相對固定，指紋區中分子結構差異使其譜峰位置變化極大。例如相同結晶態的系列高聚物，由於其聚合度的不同，在指紋區的譜圖均不相同。

4、精細性。利用指紋區譜峰位置、譜峰形狀、譜峰強度，可以指示長鏈的存在，雙鍵取代程度和構型，苯環取代位置，碳基的具體歸屬，鹵代烴取代種類等。