1、加總相關明細賬戶餘額與總賬餘額比較核對二者是否一致。　　2、運用統計抽樣，抽查會計記錄，從憑證到賬戶。　　3、巡視庫房，抽查清點庫存藥品、器材等賬面存貨，確定存貨的保管情況以及存貨資產的存在性、完整性及計價的準確性。　　4、清查固定資產，確定資產的管理、使用情況以及增減值情況。　　5、盤點現金，核對銀行存款餘額，確定貨幣資金的安全性及賬實核對情況。　　6、函證主要往來賬戶餘額，選取無法函證或未取得回函的重要賬戶實行替代程式，確定往來結算的準確性。　　7、稽核收費系統的收入日報表、藥品銷售日報表、現金收入日報表，交叉核對並與系統核對一致。　　8、稽核各類經濟合同，對重要合同簽訂的招、投標及執行情況進行審查與評價。　　9、審查工程的預、決算資料，復算工程量，確定工程支出的合理性、準確性。　　10、檢查採購計劃、採購合同與發票、入庫單、付款支票是否一致。　　11、採用分析性複核程式，審查成本計算的準確性、折舊計提的正確性等。　　12、檢查涉稅專案，確定被審計單位是否遵守國家稅收法律、法規及其他規定，是否按時、足額繳納稅款。　　13、稽核費用的發生情況、審批手續，確定其真實性、合法性、合理性。　　14、其他審計程式。　　內部審計人員透過執行初步調查、符合性測試和詳細審查，收集適當的、有用的及相關的審計證據，並透過分析與評價形成審計發現，並提出適當的審計建議。