幕府掌握天下實權，但是天皇是日本人共同承認的神子，也就是神在人間的代表，如果不尊重天皇是不能被日本人接受的。幕府和天皇的這種關係自戰國開始時就是這樣了，天皇不干涉幕府的權利，幕府對天皇做到禮儀上的尊重。

古代日本的國家權力，曾經長期掌握在幕府手中。如果是在古代中國，掌握實權的人在時機成熟時，就會取代失勢的君主，自立為帝。但日本的情況不一樣，天皇號稱是天照大神的後裔，在日本社會中享有獨特的地位，所以幕府並不能貿然取而代之。那幕府怎麼才能合法地掌握權力呢？

幕府做的事情仍然是抬高天皇位置，具體辦法是“尊王攘夷”。但如果你對日本近代史比較熟悉就會知道，維新派推翻幕府統治，高舉的旗號也是“尊王攘夷”。

很多人會把“尊王攘夷”理所應當地看作維新派對付幕府將軍的大殺器。因為，“尊王”的口號說明，幕府將軍竊取了天皇的統治權，那是非法的。而高喊“攘夷”的口號，也說明幕府將軍無能，不能盡職盡責掃清外來威脅。你看，“尊王攘夷”這口號擺明了是在瓦解幕府統治的合法性。既然這樣的話，當初幕府將軍是如何透過“尊王攘夷”來維持統治呢？

這還得說到中國的影響。“尊王攘夷”出自《春秋公羊傳》，意思是“尊勤君王，攘斥外夷”，後來傳入日本，並實現本土化。來看看幕府將軍是怎麼完成這套論證的。

先看“尊王”。這一點其實比較好理解，天皇是神的後裔，作為日本的最高權威無可爭議，但天皇過於尊貴，世俗的瑣事不應該煩勞天皇分神。所以，幕府將軍從天皇手上接過了“大政委任權”，行使駕馭各地諸侯和武士的權力，其他階層則順從幕府統治、安守本分。總體上形成天皇代表神明，幕府行使權力的局面。以前，幕府將軍雖然也可以憑藉武力，佔有天皇的權力，壓制地方的勢力，但有了“尊王”的論證，透過拔高天皇的神性，讓自己的世俗權力更加穩固。

與“尊王”思想相輔相成的就是“攘夷”思想。在江戶時代，大致相當於明清時期，日本人認為除中國王朝以外，北韓、琉球都是低日本一等的“藩國”。而日本列島北方的蝦夷族，以及葡萄牙、西班牙等這些來到東亞地區的西歐國家更是未開化的“蠻夷”。日本神國以天皇為首，有神明加護，絕不能與藩國、蠻夷等同，更不接受被壓迫和威脅。所以，以天皇為尊的日本必須要抵抗蠻夷，保衛國家的神聖性。誰來完成這個艱鉅的任務呢？

當然就是掌握強大軍事力量的幕府將軍。從17世紀開始，日本做了一件事，就是模仿古代中國修史。在古代中國，每當新的王朝建立，都要為前朝修史，透過給前朝蓋棺定論，來強調新王朝的正統性。所以，日本也想透過修史，來確立尊卑主從，穩定社會秩序。經過一個世紀，皇皇鉅著《大日本史》得以問世。

編纂《大日本史》的一些學者認為，日本之所以能走出戰亂，享受數百年的太平盛世，全都歸功於天皇與將軍之間的君臣關係順應了“天命”，社會才井然有序。他們堅信，普天之下，只有神國日本才能做出這種“創舉”。

在18世紀，從上層社會的幕府、朝廷，到深受儒家影響的中上級武士階層都認為，只要幕府帶頭“尊王”和“攘夷”，那幕府統治的正當性就不會受到質疑。換句話說，最初的“尊王攘夷”思想與幕府統治是互為因果的。這相當於給幕府統治進行了一場精緻的合法性論證。幕府高舉“尊王”大旗，透過拔高天皇的神性，使各地諸侯和平民繼續擁護幕府體制。

不過，“尊王攘夷”的口號其實是幕府將軍身邊的一顆隱形炸彈。畢竟“尊王攘夷”的基礎是“尊王”，整套理論的核心論述是“因為尊王，所以長治”。到了幕府統治末期，隨著社會矛盾加劇，再加上幕府一連串的外交失利、內政失誤，“尊王攘夷”反而變成刺向幕府的尖刀，葬送了1000年的武士統治歷史。