根據不同的標準，燃料電池大體可分為以下4類：
（1）根據燃料電池的執行機理的不同，分為酸性燃料電池和鹼性燃料電池。
（2）電解質主要有酸性、鹼性、熔融鹽類或固體電解質。據此，燃料電池可分為鹼性燃料電池（AFC）、磷酸燃料電池（PAFC）、熔融碳酸鹽燃料電池(MCFC)、固體氧化物燃料電池（SOFC）、質子交換膜燃料電池（PEMFC）等。在燃料電池中，磷酸燃料電池(PAFC)、質子交換膜燃料電池（PEMFC）可以冷啟動和快啟動，可以用作移動電源，競爭力更強。
（3）按照燃料型別的不同，有氫氣、甲醇、甲烷、乙烷、甲苯、丁烯、丁烷等有機燃料，汽油、柴油和天然氣等氣體燃料。有機燃料和氣體燃料必須經過重整器“重整”為氫氣後，才能成為燃料電池的燃料。
（4）按照燃料電池工作溫度分，有低溫型，溫度低於200℃；中溫型，溫度為200℃～750℃；高溫型，溫度高於750℃。
在常溫下工作的燃料電池，例如質子交換膜燃料電池（PEMFC），這類燃料電池需要採用貴金屬作為催化劑。燃料的化學能絕大部分都能轉化為電能，只產生少量的廢熱和水，不產生汙染大氣環境的氮氧化物。不需要廢熱能量回收裝置，體積較小，質量較輕。但催化劑鉑（Pt）會與工作介質中的一氧化碳（CO）發生作用後產生“中毒”現象而失效，使燃料電池效率降低或完全損壞。而且鉑（Pt）的價格很高，增加了燃料電池的成本。
另一類是在高溫（600℃～1000℃）下工作的燃料電池，例如熔融碳酸鹽燃料電池（MCFC）和固體氧化物燃料電池（SOFC），這類燃料電池不需要採用貴金屬作為催化劑。但由於工作溫度高，需要採用複合廢熱回收裝置來利用廢熱，體積大，質量重，只適合用於大功率的發電廠中。
綜合起來看，最實用的燃料電池是氫或含富氫的氣體燃料，但是在自然界是不能直接獲得燃料電池氫的；通常是以石油燃料、甲醇、乙醇、沼氣、天然氣、石腦油或煤氣為原料，經過重整、裂解等化學處理後來製取含富氫的氣體燃料。氧化劑則採用氧氣或空氣，最常見的是用空氣作為氧化劑。
根據不同的標準，燃料電池大體可分為以下4類：
（1）根據燃料電池的執行機理的不同，分為酸性燃料電池和鹼性燃料電池。
（2）電解質主要有酸性、鹼性、熔融鹽類或固體電解質。據此，燃料電池可分為鹼性燃料電池（AFC）、磷酸燃料電池（PAFC）、熔融碳酸鹽燃料電池(MCFC)、固體氧化物燃料電池（SOFC）、質子交換膜燃料電池（PEMFC）等。在燃料電池中，磷酸燃料電池(PAFC)、質子交換膜燃料電池（PEMFC）可以冷啟動和快啟動，可以用作移動電源，競爭力更強。
（3）按照燃料型別的不同，有氫氣、甲醇、甲烷、乙烷、甲苯、丁烯、丁烷等有機燃料，汽油、柴油和天然氣等氣體燃料。有機燃料和氣體燃料必須經過重整器“重整”為氫氣後，才能成為燃料電池的燃料。
（4）按照燃料電池工作溫度分，有低溫型，溫度低於200℃；中溫型，溫度為200℃～750℃；高溫型，溫度高於750℃。
在常溫下工作的燃料電池，例如質子交換膜燃料電池（PEMFC），這類燃料電池需要採用貴金屬作為催化劑。燃料的化學能絕大部分都能轉化為電能，只產生少量的廢熱和水，不產生汙染大氣環境的氮氧化物。不需要廢熱能量回收裝置，體積較小，質量較輕。但催化劑鉑（Pt）會與工作介質中的一氧化碳（CO）發生作用後產生“中毒”現象而失效，使燃料電池效率降低或完全損壞。而且鉑（Pt）的價格很高，增加了燃料電池的成本。
另一類是在高溫（600℃～1000℃）下工作的燃料電池，例如熔融碳酸鹽燃料電池（MCFC）和固體氧化物燃料電池（SOFC），這類燃料電池不需要採用貴金屬作為催化劑。但由於工作溫度高，需要採用複合廢熱回收裝置來利用廢熱，體積大，質量重，只適合用於大功率的發電廠中。
綜合起來看，最實用的燃料電池是氫或含富氫的氣體燃料，但是在自然界是不能直接獲得燃料電池氫的；通常是以石油燃料、甲醇、乙醇、沼氣、天然氣、石腦油或煤氣為原料，經過重整、裂解等化學處理後來製取含富氫的氣體燃料。氧化劑則採用氧氣或空氣，最常見的是用空氣作為氧化劑。