1、本文的線索：

明線：作者記述與藤野先生的交往（相識、相處、離別的過程已及對藤野的懷念）。

暗線：作者的愛國主義的感情。

本文以作者與藤野先生的交往為明線，寫了到仙台見到藤野先生的緣由、與藤野先生的相識、相處、別離，最後寫離開仙台後的懷念。暗線是作者思想感情的變化。

2、《藤野先生》是一篇回憶性散文。

作者以“我”與藤野先生的交往為敘事的線索，圍繞表現藤野先生的崇高品質這一中心。開頭寫東京印象，這是作者前往仙台的緣由；接著用設問句自然過渡，然後寫初到仙台受優待，以及與藤野先生的相識、相處、離別；最後寫離開仙台後對藤野先生的懷念。從回憶藤野先生這條明線開始延伸。

作者主要記述了“我”與藤野先生交往過程中的四件事，分別為添改講義、糾正解剖圖、關心解剖實習、瞭解中國女人的裹腳，突出了藤野先生對工作極端負責，對作者嚴格要求、熱情誠懇，對學術充滿了濃厚的興趣、求實嚴謹的形象特點，讓人記憶深刻。

本文還有一條暗線——“我”的愛國主義的情感。如清國留學生賞櫻花、學跳舞，赴仙台途中對日暮裡和水戶的深刻印象，日本“愛國青年”的尋釁和看電影事件，“我”放棄醫學等等都圍繞這條內在的線索。作者決心以筆做刀槍，與反動勢力鬥爭到底，為中國的光明繼續奮鬥。

3、綜合以上主要的幾點，歸納本文主題：

全文透過明線、暗線的因果關係。表現了藤野先生在日本舉國上下都鄙視華人的風氣下對華人的熱情友好和尊重；抒發自己強烈的愛國主義精神。這兩者相輔相成，相得益彰。