在推出FAT32檔案系統之前，通常PC機使用的檔案系統是FAT16。像基於MS-DOS，Win 95等系統都採用了FAT16檔案系統。在Win 9X下，FAT16支援的分割槽最大為2GB。我們知道計算機將資訊儲存在硬碟上稱為“簇”的區域內。使用的簇越小，儲存資訊的效率就越高。在FAT16的情況下，分割槽越大簇就相應的要增大，儲存效率就越低，勢必造成儲存空間的浪費。並且隨著計算機硬體和應用的不斷提高，FAT16檔案系統已不能很好地適應系統的要求。在這種情況下，推出了增強的檔案系統FAT32。同FAT16相比，FAT32主要具有以下特點：

1. 同FAT16相比FAT32最大的優點是可以支援的磁碟大小達到2TB（2047GB），但是不能支援小於512MB的分割槽。基於FAT32的Win 2000可以支援分割槽最大為32GB；而基於 FAT16的Win 2000支援的分割槽最大為4GB。

2. 由於採用了更小的簇，FAT32檔案系統可以更有效率地儲存資訊。如兩個分割槽大小都為2GB，一個分割槽採用了FAT16檔案系統，另一個分割槽採用了FAT32檔案系統。採用FAT16的分割槽的簇大小為32KB，而FAT32分割槽的簇只有4KB的大小。這樣FAT32就比FAT16的儲存效率要高很多，通常情況下可以提高15%。

3. FAT32檔案系統可以重新定位根目錄和使用FAT的備份副本。另外FAT32分割槽的啟動記錄被包含在一個含有關鍵資料的結構中，減少了計算機系統崩潰的可能性