果寶特攻成功拯救完水果世界後，由於在花果山大合唱慶祝造成第七層的崩塌，直接傷害到七色彩蓮。

為求保住七色彩蓮，東方求敗被外人蠱惑利用，接受了人類世界的忍術和其他技術去搶救彩蓮，但同時也成為了拐帶水果們的幫兇。方丈與果姥上山探望東方求敗，無意間看出當中端倪，東方求敗有滅口之意。果寶特攻趕到時，方丈與果姥為儲存實力，一個裝瘋扮傻，一個詐死，方丈出狠招將果寶特攻打落懸崖，並且瘋言瘋語，讓眾人誤會果寶特攻，使三劍客再無立足之地，必須遠走他鄉，從而避開東方求敗的迫害。三劍客在小果叮的幫助下撿回一命，重新拾起鬥志誓要查出真相。在小果叮的指示下，各人各盡所長，千方百計尋找蓮珠。歷經重重苦難，機甲在蓮珠的洗禮下得到重生，三人不斷提升自我，獲得新的技能和必殺技，對方也得到力量加強和武器升級，加上神鬼莫測的忍術，三人多次陷入苦戰。三劍客屢敗屢戰，在失敗中成長，反敗為勝。果寶女特攻們同樣自強不息，創出新的招數和必殺技，來支援果寶特攻。眾人在花果山匯合，迎來與東方求敗的終極一戰。幾經艱辛終於獲得勝利，但東方求敗的失敗並不意味事情結束。果寶特攻們幾經艱辛，終於來到花果山第七層，發現原來真正幕後黑手是外來人類忍者龜太公。單憑眾人之力並不足以抗衡。這時，養精蓄銳的果寶老特攻們及時出手，兩代特攻通力合作與龜太公周旋。這正是方丈和果姥計劃好的聯合作戰計劃。在敵我實力懸殊下，果寶特攻突破自我，進化成黃金果寶戰神，與龜太公決一死戰。最終，在七色彩蓮和全體水果村民的齊心協力下，果寶特攻毀滅了龜太公的忍者機甲，獲得了大勝利。