不同型別生物農藥的生產方式不同，概括起來有以下幾種：

（1）發酵真菌類、細菌類的生物農藥和抗生素類的生物農藥都是以人工配製的培養基透過液體或固體發酵生產出來的。細菌或真菌在培養基上大量繁殖後，經過提取、分離和濃縮，得到需要的菌體或者其產生的活性物質，再經過劑型加工，就可以得到我們需要的生物農藥了。（2）活體繁殖有些微生物、原生生物、線蟲等，如昆蟲病毒、微孢子蟲等，很難找到合適的人工培養基，就只能人工大量飼養某種昆蟲，然後讓病毒或微孢子蟲在昆蟲體內繁殖，再經過提取分離和加工，生產出能夠在田間使用的劑型。（3）採集和提取絕大多數的植物源農藥都是直接採集植物的某些部位。例如苦參的根、除蟲菊的花、印楝的果實，經粉碎、提取、分離、濃縮和加工形成產品。（4）人工合成少數已知化學結構，而且化學結構比較簡單的生物農藥。如某些昆蟲資訊素，透過人工合成有效成分，然後再根據天然資訊素中各有效成分的比例進行混合，生產出和天然資訊素相同的產品。

和化學農藥相比，生物農藥的有效成分對外界不良環境條件的抗禦能力差，本身又容易分解、失活，所以在進行劑型加工時的要求就較高，所使用的助劑不能對有效成分產生毒殺和抑制作用，而且還要對其起到保護作用，延緩其分解和失活的速度，以儘可能地延長其有效期。