張元素對於脾胃病的治療，有著比較系統、完整的方法。他將脾胃病的治療總結為土實瀉之，土虛補之，本溼除之，標溼滲之，胃實瀉之，胃虛補之，本熱寒之，標熱解之等具體治療原則。土實瀉之，包括瀉子、湧吐、瀉下。土虛補之，包括補母、補氣、補血。本溼除之，包括燥中宮、潔淨府。標溼滲之，包括開鬼門。胃實瀉之，包括瀉溼熱，消飲食。胃虛補之，包括補胃氣以化溼熱、散寒溼。本熱寒之，主要是降火。標熱解之，主要是解肌等等。他根據脾喜溫運，胃宜潤降的生理特點，分別確定了治脾宜守、宜補、宜升，治胃宜和、宜攻、宜降等治則，為後世進一步完善與深化脾胃病辨治綱領起到了不可忽視的作用。

此外，張元素還創制了治療脾胃病的代表方劑——枳術丸。該方具有治痞、消食、強胃的功效。用白朮二兩，枳實麩炒黃色去穰一兩。同為極細末，用荷葉裹燒飯為丸，如梧桐子大，每服五十丸。多用白湯下，不拘時日。本方系從《金匱要略》中枳術湯演變而來。《金匱要略》此方是枳實用量重於白朮，以消化水飲為主，兼顧脾胃。張氏改湯為丸，白朮用量多於枳實，則以補養脾胃為主，兼治痞消食。配荷葉芬芳升清，以之裹燒。又用米飯為丸，與術協力，則更能增強其養胃氣的作用。於此可見，張氏對於脾胃病的治療，其主導思想，乃是以扶養後天之本為先，而輔之以治痞消食，此即張氏所謂“養正積自除”的治療觀點。

張元素以研究臟腑病機為中心，成為一派醫家之開山。對於脾胃病的治療方法成為易水學派師弟相傳的家法，其弟子李東垣、王好古均為中國醫學史上青史留名的人物。張氏對藥物學的貢獻很大，其所撰《臟腑標本寒熱虛實用藥式》一文，探討藥物功效及臨床應用，後被李時珍收入《本草綱目》之中，可見其學術影響之一斑