一、企業年度納稅申報時，根據研發支出輔助賬彙總表填報研發專案可加計扣除研發費用情況歸集表，在年度納稅申報時隨申報表一併報送。

二、企業應當不遲於年度彙算清繳納稅申報時，向稅務機關報送備案資料完成備案。備案資料包括：

1.《企業所得稅優惠事項備案表》；

2.研發專案立項檔案。

另外，企業年末彙總分析填報研發支出輔助賬彙總表，並在報送《年度財務會計報告》的同時隨附註一併報送主管稅務機關；企業應填報《研發專案可加計扣除研發費用情況歸集表》在年度納稅申報時隨申報表一併報送。

科技型中小企業辦理稅收優惠備案時，應將按照《科技型中小企業評價辦法》取得的相應年度登記編號填入《企業所得稅優惠事項備案表》“具有相關資格的批准檔案（證書）及文號（編號）”欄次。

三、企業應將下列資料留存備查：

1.自主、委託、合作研究開發專案計劃書和企業有權部門關於自主、委託、合作研究開發專案立項的決議檔案；

2.自主、委託、合作研究開發專門機構或專案組的編制情況和研發人員名單；

3.經科技行政主管部門登記的委託、合作研究開發專案的合同；

4.從事研發活動的人員和用於研發活動的儀器、裝置、無形資產的費用分配說明（包括工作使用情況記錄）；

5.集中研發專案研發費決算表、集中研發專案費用分攤明細情況表和實際分享收益比例等資料；

6.“研發支出”輔助賬；

7.企業如果已取得地市級（含）以上科技行政主管部門出具的鑑定意見，應作為資料留存備查。