光緒皇帝死於1908年11月14日，死於砒霜中毒，由於死亡時間過於蹊蹺（隔日慈禧去世），後世一直懷疑光緒並非正常死亡，2008年，經對光緒皇帝殘留的一縷頭髮的鑑定，證實死於砒霜中毒。

究竟是誰下的毒，學術界有幾種意見：慈禧，李蓮英，袁世凱！

從作案動機和作案手段來看，慈禧無疑是最大的嫌疑人，據啟功先生回憶，光緒帝死之前曾服用了慈禧賜予的酸奶，這是目前為止最有力的證據。啟功先生是雍正帝兒子弘晝的後人，曾祖當時出任禮部尚書，他的話可信度很高。

就可行性來看，李蓮英和袁世凱縱然是有心殺光緒也沒有這種手段，況且早不殺晚不殺，慈禧死前一天殺，這種可能性太巧。也許有人會說：慈禧已經垂死，還有精力殺光緒？據史書記載，慈禧死於痢疾，症狀就是嚴重拉肚子，身體虛弱，但是腦筋並沒有糊塗，所以完全可以清楚下命令。

慈禧為什麼殺光緒，有幾條原因：

（1）兩人結怨太深，慈禧怕死後遭到光緒清算

戊戌變法以後，光緒被慈禧幽禁贏臺十年，光緒過著暗無天日的生活，這期間，慈禧還殘忍的把光緒寵愛的珍妃投入井裡淹死，雙方仇深似海，不死不休。

（2）光緒聽說慈禧得病將死，十分高興，被慈禧得知，慈禧是個極度自私殘忍的人，人之將死，其心更毒，必欲殺光緒以解心頭只恨

至於慈禧對於殺死光緒以後的計劃，筆者認為它根本沒有計劃，如果為大清千秋萬代江山計，當然是還政光緒最好，但是在慈禧心目中：在我死後，哪管洪水滔天，這個陰毒的老妖婆做事毫無下限。

最搞笑的是慈禧留下的三條遺囑，

（1）光緒死後傳位溥儀，並規定了光緒的諡號，注意：遺囑撰寫的時候光緒還沒有死呢，連光緒的遺囑就準備好了。

（2）後宮不得干政，這條更加搞笑，清朝本有後宮不得干政的祖訓，但慈禧掌權四十餘年，死後卻要求後宮不得干政，簡直是打自己的臉，只能有一種解釋：只許州官放火不許百姓點燈

（3）不許宦官專權，這條更是打自己的臉，慈禧寵幸太監李蓮英，安德海。。還鬧出一大對不正當關係的緋聞，死後竟然來這麼一出，只能繼續這麼解釋：只許州官放火不許百姓點燈

光緒和慈禧的死，只相差一天，一直成為歷史之謎，有人說是一種巧合，有人說是慈禧的陷害，後來這個謎團被揭開了，考古學家經過考證，光緒身上有大量的砒霜，這說明光緒是中毒而死，但作為一個國家的皇帝，一般人是很難接近光緒，唯一有這個能力的只有一個人，這就是慈禧太后。

至於說慈禧太后為什麼要害死光緒？其實原因也很簡單，光緒皇帝自從當了皇帝以後，與慈禧一直不和，特別是戊戌變法，讓慈禧大為惱火，後來一氣之下，慈禧還把光緒皇帝給囚禁了，慈禧迫害光緒，還有一個原因，就是光緒簽證以後，權力大部分掌握在光緒手裡，慈禧的權力被架空，但慈禧一生最愛的就是這個權利，慈禧是不容忍光緒這樣做的，唯一的辦法就是扳倒光緒皇帝，自己重新垂簾聽政。然而，79歲的慈禧，在患了一場大病之後，自知自己生命難保，怕自己死在了光緒前面，日後會被光緒皇帝加害，唯一的辦法就是先把光緒皇帝弄死，再立一個新皇帝溥儀，這樣才能夠無後顧之憂。