根據生態特點，一般分藻類植物為浮游藻類、飄浮藻類和底棲藻類。有的藻類，如矽藻門、甲藻門和綠藻門的單細胞種類以及藍藻門的一些絲狀的種類浮游生長在海洋、江河、湖泊，稱為浮游藻類。有的藻類如馬尾藻類飄浮生長在馬尾藻海上，稱為飄浮藻類。有的藻類則固著生長在一定基質上稱為底棲藻類，如藍藻門、紅藻門、褐藻門、綠藻門的多數種類生長在海岸帶上；這些底棲藻類在一些地方形成了帶狀分佈,一般的說,在潮間帶的上部為藍藻及綠藻，中部為褐藻而下部則為紅藻。但中國海岸帶海域和亞熱帶海域的冬春兩季，高潮帶常有藍藻門的須藻，紅藻門的紫菜、小石花菜，褐藻門的鼠尾藻，綠藻門的綠苔、滸苔；中潮帶常有紅藻門的海蘿，褐藻門的萱藻和綠藻門的礁膜、石蓴等。低潮帶及潮下帶種類很多，如紅藻門的石花菜、角叉藻、多管藻、凹頂藻，褐藻門的海帶、裙帶菜、海蒿子和綠藻門的海松。潮間帶還有許多石沼，為藻類的生長提供了良好的條件。還有兩種特殊的生態環境適宜於若干藻類群落的生長，如亞熱帶和熱帶的紅樹林，常有卷枝藻、鏈藻、鷓鴣菜在氣根上及樹幹基部上生長，熱帶海洋的珊瑚礁常有大量的仙掌藻屬植物。

藻類有著眾多的種類，據統計，就目前已知的種類就已經有3萬種左右。早期的植物學家多將藻類和菌類納入一個門，即藻菌植物門。隨著人們對藻類植物認識的不斷深入，特別是從巴暄的平行進化學說發表以後，認為藻類不是一個自然分類群，並根據它們營養細胞中色素的成分和含量及其同化產物、運動細胞的鞭毛以及生殖方法等分為若干個獨立的門。對於藻類的分門，也有很大的分歧，而在中國多將藻類分為12個門。