聲吶會自動傳送加密的敵我識別訊號，對方潛艇接受該訊號，如果是友軍，就會自動解碼並反饋預訂的訊號。反之，如果是敵軍，就不會有回覆。

如果潛艇在水下探測到另一艘潛艇，要確定對方還是比較容易的。當然不使用所謂的主動聲吶，潛艇一般都用被動聲吶，防止自己的位置暴露。如果潛艇相遇可透過監聽到的聲紋進行對比，各國潛艇的聲紋均有不同，即使是同一國家不同型號潛艇也會由於動力系統和傳動系統不同的結構具有不同的聲紋特徵。在平時訓練中，自己的潛艇都有非常匹配的資料庫，一旦聲紋對上了，基本可以確定是自己人。

但如果是敵方從來沒有出現過的潛艇，就要小心了，很可能是敵人。因此收集他國潛艇聲紋是和平時代各國潛艇的一項重要任務，透過這些工作可以確保戰時準確的敵我識別以及確認自己遇上了什麼樣的敵人。被動聲吶的目的就是監聽到底對方的聲紋是不是己方的潛艇。平時潛艇之間的水下暗戰就是幹這個，收集對方潛艇的資訊，加入資料庫，因此潛艇部隊的碼頭都有自己的地方，不和水面艦艇混合在一起。一旦有外國軍艦來訪，潛艇都要回避，避免自己的水下引數被對方偵測到。

其實訪問對方港口也是一種情報收集途徑，到沒有哪個國家派自己的潛艇去迎接對方。如果兩國的潛艇一起訓練，那麼必然說明合作已經上升到很高的高度了，如果是核潛艇一起訓練，就更不得了。還有一種可能是單艇獵殺，劃定一個海域，己方潛艇一概不進入，如果單艇發現有可疑潛艇，那麼直接發動攻擊，連比對都不需要。