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劇情是多頭髮展。主要改編於2個美軍失敗的特種行動。一個是蟒蛇行動，一個是紅翼行。你扮演的主角分別是海豹突擊隊“海神”小隊一員"野兔"。另外三個成員是“老媽”“巫毒”“牧師”。第二個是三角洲的“狼群”小隊，是個狙擊小隊，四個成員是“黑豹”“維加斯”“灰人”和玩家扮演的“杜斯”，第三個是遊騎兵部隊，玩家扮演一名遊騎兵步兵，還有一關是扮演阿帕奇直升機的前座火控官。

第一關海神小隊進入阿富汗一座小鎮去解救一名線人，並從線人那裡獲得了塔利班在某地大規模集結的情報，於是第二關海神小隊跟阿富汗北方聯盟武裝一起去清剿塔利班武裝。

同時狼群小隊在外圍配合這次行動，並潛入村莊標記了塔利班用來運送士兵的卡車，然後這些卡車在海神小隊撤離途中被AC-130摧毀。

美軍原計劃讓滲透進敵後的特種部隊配合阿富汗當地武裝來進行一次行動，但因為指揮上的失誤造成誤擊（過場裡的情節），行動就只能由遊騎兵來完成，但在行動中四名遊騎兵（包括一名空軍的ETAC空中打擊管制員）被塔利班包圍，最後被兩架路過的AH-64D阿帕奇武裝直升機解救。

然後玩家就扮演其中一架直升機的武器官對隱藏在大山裡的塔利班迫擊炮進行打擊，這一關的最後直升機險些被放空炮擊落，幸好狼群的狙擊手從遠處狙殺了放空炮的炮手（動畫）。

然後進入狙擊關，狼群的狙擊手掩護海神小隊突出重圍撤離，下一關就是海神小隊撤離中遇到敵人包圍，老媽和野兔上了直升機，但巫毒和牧師留在地面上被包圍。老媽和野兔在返回救援隊友時直升機被擊落，二人面對敵人包圍，跳崖逃生但被俘。最後一關是美軍指揮官不顧上級命令，派出完成任務回程的遊騎兵去解救海神小隊，但是遊騎兵的直升機也被擊落，最後遊騎兵找到了巫毒和牧師，並一同解救出了老媽和野兔，但最後野兔因為傷勢嚴重犧牲。最後的動畫中兩名特種部隊隊員滲透進阿富汗平民中。