教育局共有十四個科室，分別是：
(一)辦公室(市委教工委辦公室)
協助局領導組織協調機關日常工作。負責機關的文秘、檔案、保密、接待、安全保衛及後勤管理服務等工作;負責教育系統的政務督察督辦、工作調研和資訊交流工作;承擔人大代表建議及政協提案的辦理工作。
(二)組織處(市委教工委組織部)
按管理許可權負責全市教育系統黨的思想建設和組織建設。負責局機關和直屬單位領導班子管理和幹部隊伍建設工作;負責市屬學校單位及民辦學校黨的基層組織建設、黨員教育和管理工作;負責教育系統幹部教育培訓工作;指導和協調教育系統知識分子工作;負責局機關及直屬單位全方位目標考核工作;負責黨員幹部因公因私出國政審工作;負責全市教育系統統戰工作。
(三)宣傳法規處(學生思想道德教育工作處)
負責全市教育系統黨和國家教育方針、政策的宣傳工作;研究擬定全市教師職業道德教育和師德建設規劃;指導全市教育系統精神文明建設和思想政治工作;組織開展全市教育系統雙擁共建活動。負責全市教育改革和發展戰略規劃的擬定、重大課題的調查研究工作,組織起草全市教育工作的地方性法規、規章和規範性檔案;承辦教育行政複議、行政訴訟應訴等工作;指導教育系統法制建設和依法治校工作。負責制定全市學校德育工作規劃,指導、檢查全市學生思想道德建設工作;組織指導全市各級各類學校貫徹落實中央、省、市對未成年人思想道德建設工作的意見。
(四)發展規劃處
制定全市教育事業發展規劃、年度計劃和招生計劃;統籌規劃和指導各級各類學校建設管理工作;會同有關部門按規定許可權負責幼兒園、中小學、職業學校、市屬高校及駐濟函授工作站、自學考試助學機構(含民辦的各級各類學校)的設定、撤併、更名和調整的稽核報批工作;統籌管理全市教育資源配置,參與全市城市建設中教育設施配套規劃方案的審批工作;負責全市中小學校佈局和結構調整工作;按規定許可權負責市區教育基建專案的稽核上報,負責教育系統重點工程專案建設的監督管理;負責全市教育統計工作。
(五)學前教育處
統籌管理全市托幼(含民辦托幼)教育工作。負責全市學前教育的發展規劃、佈局調整和體制改革工作;負責全市托幼園(所)分類定級工作;牽頭制定幼兒園教育教學工作的管理辦法,並檢查執行情況;指導幼兒園教育教學改革試驗及成果的推廣。
(六)基礎教育處
統籌管理全市基礎教育工作。組織和指導實施九年制義務教育、普通高中教育,並負責監督檢查;負責局屬普通中小學(含民辦學校)的教育行政管理工作;負責制定中小學招生政策,並協調組織實施;負責全市普通高中畢業會考的組織工作;負責民族教育、特殊教育工作。
(七)職業與成人教育處
統籌管理全市中等職業教育和成人教育工作。負責局屬職業中專(含民辦學校)的教育行政管理及全市中等職業學校(含民辦學校)的學籍管理工作;負責職業學校(含民辦學校)專業設定和畢業生的就業指導工作;負責全市社群教育和相關教育機構、高校駐濟函授站及自學考試助學機構的管理和指導工作。負責成教學會、外語學會、社會力量辦學協會、德育研究會的指導工作。
(八)高等教育與師資培訓處
統籌管理全市高等教育、師範教育工作。負責直屬高校(含民辦高校)、師範院校的教育行政管理工作;負責市屬高校專業設定與調整的指導工作;參與制定高等教育發展規劃、結構調整和體制改革工作;牽頭制定師資培養、培訓的有關措施,管理全市各類學校師資隊伍培養和培訓、進修工作;組織實施全市教師繼續教育和學歷進修工作。
(九)體育衛生與藝術教育處
綜合管理各類學校體育、衛生健康、藝術教育及特色教育工作;參與制定學校體育、衛生健康、藝術教育的有關辦法和措施,並檢查執行情況;指導學校開展體育、衛生健康、藝術教育和科技教育的教育教學改革;組織協調學生體育競賽、藝術交流;指導學校國防教育、學生軍訓和科普基地工作。
(十)技術裝備與學校安全處
編制全市教育技術裝備的工作規劃,負責教育系統的資訊化建設,開展實驗教學工作,指導實驗室建設。負責全市教育系統社會治安綜合治理和穩定工作;指導、協調教育系統安全教育工作;負責全市依法辦學行為的執法檢查和大型活動的安全保衛工作。
(十一)財務審計處
編報市級各項教育經費(含全市教育費附加)年度預決算建議方案;統籌管理直屬單位基建專項經費和事業費;指導教育系統的會計工作;負責國外教育援助、教育貸款的管理工作;按有關規定和管理許可權,負責教育系統的國有資產管理;負責制定教育經費的管理規定和經費籌措工作。
(十二)對外交流與合作處
負責全市教育系統的國際合作與交流。指導學校對外籍教育專家、教師和境外來濟留學進修考察人員的管理工作。承擔全市教育系統出國(境)考察團組的稽核申報;負責外籍教育專家、學者的聘用管理工作及教育援外工作;指導全市教育系統對外宣傳工作。
(十三)人事處
研究制定全市教師隊伍建設規劃,負責機關和所屬單位的人事和勞動保險等工作;負責師範院校畢業生來濟就業指導工作;負責管理和指導全市教師資格認定工作;指導濟南教育人才交流服務中心工作。
(十四)離退休幹部處
負責機關離退休人員的管理服務工作,指導局屬單位離退休幹部的管理和服務工作,協調市老教育工作者協會的工作。
教育局共有十四個科室，分別是：
(一)辦公室(市委教工委辦公室)
協助局領導組織協調機關日常工作。負責機關的文秘、檔案、保密、接待、安全保衛及後勤管理服務等工作;負責教育系統的政務督察督辦、工作調研和資訊交流工作;承擔人大代表建議及政協提案的辦理工作。
(二)組織處(市委教工委組織部)
按管理許可權負責全市教育系統黨的思想建設和組織建設。負責局機關和直屬單位領導班子管理和幹部隊伍建設工作;負責市屬學校單位及民辦學校黨的基層組織建設、黨員教育和管理工作;負責教育系統幹部教育培訓工作;指導和協調教育系統知識分子工作;負責局機關及直屬單位全方位目標考核工作;負責黨員幹部因公因私出國政審工作;負責全市教育系統統戰工作。
(三)宣傳法規處(學生思想道德教育工作處)
負責全市教育系統黨和國家教育方針、政策的宣傳工作;研究擬定全市教師職業道德教育和師德建設規劃;指導全市教育系統精神文明建設和思想政治工作;組織開展全市教育系統雙擁共建活動。負責全市教育改革和發展戰略規劃的擬定、重大課題的調查研究工作,組織起草全市教育工作的地方性法規、規章和規範性檔案;承辦教育行政複議、行政訴訟應訴等工作;指導教育系統法制建設和依法治校工作。負責制定全市學校德育工作規劃,指導、檢查全市學生思想道德建設工作;組織指導全市各級各類學校貫徹落實中央、省、市對未成年人思想道德建設工作的意見。
(四)發展規劃處
制定全市教育事業發展規劃、年度計劃和招生計劃;統籌規劃和指導各級各類學校建設管理工作;會同有關部門按規定許可權負責幼兒園、中小學、職業學校、市屬高校及駐濟函授工作站、自學考試助學機構(含民辦的各級各類學校)的設定、撤併、更名和調整的稽核報批工作;統籌管理全市教育資源配置,參與全市城市建設中教育設施配套規劃方案的審批工作;負責全市中小學校佈局和結構調整工作;按規定許可權負責市區教育基建專案的稽核上報,負責教育系統重點工程專案建設的監督管理;負責全市教育統計工作。
(五)學前教育處
統籌管理全市托幼(含民辦托幼)教育工作。負責全市學前教育的發展規劃、佈局調整和體制改革工作;負責全市托幼園(所)分類定級工作;牽頭制定幼兒園教育教學工作的管理辦法,並檢查執行情況;指導幼兒園教育教學改革試驗及成果的推廣。
(六)基礎教育處
統籌管理全市基礎教育工作。組織和指導實施九年制義務教育、普通高中教育,並負責監督檢查;負責局屬普通中小學(含民辦學校)的教育行政管理工作;負責制定中小學招生政策,並協調組織實施;負責全市普通高中畢業會考的組織工作;負責民族教育、特殊教育工作。
(七)職業與成人教育處
統籌管理全市中等職業教育和成人教育工作。負責局屬職業中專(含民辦學校)的教育行政管理及全市中等職業學校(含民辦學校)的學籍管理工作;負責職業學校(含民辦學校)專業設定和畢業生的就業指導工作;負責全市社群教育和相關教育機構、高校駐濟函授站及自學考試助學機構的管理和指導工作。負責成教學會、外語學會、社會力量辦學協會、德育研究會的指導工作。
(八)高等教育與師資培訓處
統籌管理全市高等教育、師範教育工作。負責直屬高校(含民辦高校)、師範院校的教育行政管理工作;負責市屬高校專業設定與調整的指導工作;參與制定高等教育發展規劃、結構調整和體制改革工作;牽頭制定師資培養、培訓的有關措施,管理全市各類學校師資隊伍培養和培訓、進修工作;組織實施全市教師繼續教育和學歷進修工作。
(九)體育衛生與藝術教育處
綜合管理各類學校體育、衛生健康、藝術教育及特色教育工作;參與制定學校體育、衛生健康、藝術教育的有關辦法和措施,並檢查執行情況;指導學校開展體育、衛生健康、藝術教育和科技教育的教育教學改革;組織協調學生體育競賽、藝術交流;指導學校國防教育、學生軍訓和科普基地工作。
(十)技術裝備與學校安全處
編制全市教育技術裝備的工作規劃,負責教育系統的資訊化建設,開展實驗教學工作,指導實驗室建設。負責全市教育系統社會治安綜合治理和穩定工作;指導、協調教育系統安全教育工作;負責全市依法辦學行為的執法檢查和大型活動的安全保衛工作。
(十一)財務審計處
編報市級各項教育經費(含全市教育費附加)年度預決算建議方案;統籌管理直屬單位基建專項經費和事業費;指導教育系統的會計工作;負責國外教育援助、教育貸款的管理工作;按有關規定和管理許可權,負責教育系統的國有資產管理;負責制定教育經費的管理規定和經費籌措工作。
(十二)對外交流與合作處
負責全市教育系統的國際合作與交流。指導學校對外籍教育專家、教師和境外來濟留學進修考察人員的管理工作。承擔全市教育系統出國(境)考察團組的稽核申報;負責外籍教育專家、學者的聘用管理工作及教育援外工作;指導全市教育系統對外宣傳工作。
(十三)人事處
研究制定全市教師隊伍建設規劃,負責機關和所屬單位的人事和勞動保險等工作;負責師範院校畢業生來濟就業指導工作;負責管理和指導全市教師資格認定工作;指導濟南教育人才交流服務中心工作。
(十四)離退休幹部處
負責機關離退休人員的管理服務工作,指導局屬單位離退休幹部的管理和服務工作,協調市老教育工作者協會的工作。