計算機科學與技術專業的主要課程設定有電路原理，數字邏輯，數字分析，類比電子技術，計算機原理，微型計算機技術，計算機系統結構，計算機網路，高階語言組合語言，資料結構，作業系統，計算方法，離散數學，機率統計，線性代數以及演算法設計與分析等。

不過，在不同特色的院校計算機科學與技術專業的側重點不同，在化工類大學裡，計算機科學與技術在學習計算機科學同時，課程的基礎上，還要學習與化工專業交叉的相關課程；在農林類大學還要學習和農業，農林相關的專業課程；在航空航天類大學還要學習和航空航天綠專業相關的課程；所以，計算機科學與技術專業在不同的特色的院校還存在著一定的差異。

譬如，北京大學的計算機科學與技術專業，就要學習資料結構與演算法，軟體工程，計算機組成原理，因為它的計算機科學與技術專業是相互交叉滲透的一個專業，所以，在學習計算機相關課程的同時，還要學習軟體系統工作的原理，方法和實踐。

中國的高等院校中，北京大學，清華大學，浙江大學，國防科技大學，北京航空航天大學，北京郵電大學，哈爾濱工業大學，上海交通大學，南京大學，華中科技大學，電子科技大學，北京交通大學，北京理工大學，中北大學，吉林大學，同濟大學，中國科學技術大學，武漢大學，中南大學，西安交通大學，西北工業大學，西安電子科技大學，戰略支援部隊資訊工程大學，華人民大學，北京工業大學，北京科技大學，南開大學，天津大學，大連理工大學，哈爾濱工程大學等院校的計算機科學與技術專業，都具有非常鮮明的專業特色。