周伯通最高。他對武功一道有特殊的痴迷，愛好，悟性。兼之無功利之心，天真無邪，了無心機，還自創空明拳，雙手互搏。

說起武功，我個人認為黃藥師的武功高於周伯通以及段王爺，黃藥師武功涉獵廣泛，周伯通的所學的九陰真經是透過郭靖從黃藥師的桃花島所得，才得以脫離黃藥師的控制。周伯通的的左右互搏術，其實是周伯通無聊自創逗樂，後面傳給小龍女，小龍女憑此能單挑大王，確實強悍。但是一個人怎麼都不可能當成兩個人，加之周伯通性格使然，除了玩，實在是看不出哪裡有高手的地方，所以我覺得還是黃藥師厲害

這還用說嗎？禿頭上蝨子，明擺著嘛！

黃藥師武功雖然厲害，但是功夫過於駁雜；

一燈大師雖然精絕，可是一陽指到底幹不過九陰真經。

老頑童雖然頑皮沒有個正形，卻能夠獨創出雙手互搏術，這實在是不可小覷，就算是一個人當一個半人來用，也已經大佔優勢。而且他和王重陽是師兄弟，加之九陽真經的威力，真要打起來，當然是穩操勝算了！

按照題主的意思，應該指的是《神鵰俠侶》快結束時，周伯通、一燈大師和黃藥師三人比較。如果這一時期三人作比較，準確來說，這三人誰都不是武功天下第一，但可以比得出武功從高到低的排列是：周伯通、一燈大師、黃藥師。

在《射鵰英雄傳》中，周伯通被黃藥師關在桃花島的洞穴里長達十五年，在這十五年中，周伯通閒來無事，自創了“空明拳”和“雙手互搏”兩門功夫，使他的武功更提升了一個層次。但真正讓他的武功大踏步進步的，則應該要歸功於《九陰真經》。郭靖來了之後，周伯通才真正把《九陰真經》上下卷全部記得滾瓜爛熟，已經成為他腦中抹不掉的東西。他作為絕頂高手，這三十餘年來，這種已經內化為他頭腦中一部分的《九陰真經》，自然而然會促使他修煉內功，有這三十餘年的功力，周伯通的內功已經臻於化境。所以，楊過特意帶著郭襄來百花谷找周伯通時，二人過招，以楊過的實力，其實已經和郭靖不相上下，可以說，當世已經幾乎沒有敵手了。但楊過和周伯通過了數百招之後，仍是難以勝過周伯通，如果非要分出勝負，二人只能比拼內力。

一燈大師前半輩子和周伯通一樣，都是一個不折不扣的武痴，嗜武如命，他身為大理國君主，把國事交給他人處理，自己卻整日沉迷於練武。那時候的一燈大師還是段皇爺，他也是有著極強烈的名利心，想要在第二次華山論劍時一舉奪得武功天下第一的名號。後來因為劉貴妃和周伯通有了私情，還生下了兒子，裘千仞故意打傷劉貴妃的兒子，想要讓段皇爺為了救治這個孩子而消耗數年功力，從而無緣第二次華山論劍。段皇爺忍心沒有救治這個孩子，把劉貴妃逼成了心狠手辣的瑛姑，段皇爺受此事刺激，出家為一燈大師。後來一燈大師為黃蓉治傷，損耗數年功力，無意中從郭靖口裡獲得《九陰真經》修煉上乘內功的法門，功力很快恢復。這時候一燈大師的武功應該不在周伯通之下，只是他已經出家，他的武功只會用來救人，再也不會用來爭強好勝和進攻。

黃藥師的武功在第二次華山論劍時，雖然能勝過郭靖半籌，但和洪七公相比還是稍遜半籌。歐陽鋒神志不清之後突然跑出來挑釁洪七公、黃藥師、郭靖和黃蓉，四人被他一人打得手忙腳亂。其中，黃藥師和歐陽鋒對戰時完全處於下風，只有招架之功，而無還手之力，最後還被歐陽鋒咬傷了食指。相比之下，洪七公就要一些，他和歐陽鋒對戰，還能偶爾還擊幾招，沒有像黃藥師那般完全沒有還手之力，最後和歐陽鋒各中對方一掌，看來黃藥師還是不如洪七公。到了《神鵰俠侶》快結束時，黃藥師還是排在了周伯通和一燈大師的後面，因為黃藥師最吃虧的就是沒有正兒八經修煉過《九陰真經》，在這方面自然就比周伯通和一燈大師要更遜色一些。而且黃藥師後期基本上嚴重缺乏實戰，很少和真正的絕頂高手過招，他的戰鬥力肯定也就比不上週伯通和一燈大師了。

綜上所述，在《神鵰俠侶》快結束時，周伯通、一燈大師和黃藥師都算不上天下第一，因為只有郭靖和楊過可以算得上天下第一；他們三人的武功，最強的是周伯通，其次是一燈大師，最後是黃藥師。