藍鯨是鰮鯨屬七個物種中的一種。但是DNA測序分析表明，藍鯨比其屬中的其它物種在種繫上更接近駝背鯨和灰鯨。關於藍鯨/鰭鯨雜交的成年後代至少有11項文獻記載。阿倫遜和格爾伯格(1983年)認為藍鯨和鰭鯨的差別類似於人類和大猩猩的差別。普遍認為鰮鯨科早在漸新世中期就和鬚鯨亞目的其他科分離。但是不知何時這些科的成員彼此分離。 與藍鯨相關的動物種系樹一些權威把該物種分為三個亞種：B. m. musculus，包括北大西洋和北太平洋的種群；B. m. intermedia，包括南大洋的種群；B. m. brevicauda （也稱侏儒藍鯨），包括印度洋和南太平洋的種群。更早的權威把把印度洋種群單獨列為一個亞種稱B. m. indica。但和其他三個亞種不同的是，最後一個亞類的名稱並未出現在瀕危物種紅色列表上。目前兩種分類方法仍舊受到一些科學家的置疑；遺傳分析卻表明只有兩種亞種。 物種名稱musculus來源於拉丁語，有“強健”的意思, 但也可以理解為“小老鼠”。林奈在1758年的開創性著作中完成了該種類的命名，他可能知道這一點，然後幽默的使用了這個帶有諷刺意味的雙關語。藍鯨還有其他常用的名字，例如Sulphur-bottom（硫磺底），Sibbald"s Rorqual（鰮鯨的近親）， Great Blue Whale（大藍鯨） and Great Northern Rorqual（大北鰮鯨），近幾十年來這些名稱漸漸被人們遺忘。
藍鯨是鰮鯨屬七個物種中的一種。但是DNA測序分析表明，藍鯨比其屬中的其它物種在種繫上更接近駝背鯨和灰鯨。關於藍鯨/鰭鯨雜交的成年後代至少有11項文獻記載。阿倫遜和格爾伯格(1983年)認為藍鯨和鰭鯨的差別類似於人類和大猩猩的差別。普遍認為鰮鯨科早在漸新世中期就和鬚鯨亞目的其他科分離。但是不知何時這些科的成員彼此分離。 與藍鯨相關的動物種系樹一些權威把該物種分為三個亞種：B. m. musculus，包括北大西洋和北太平洋的種群；B. m. intermedia，包括南大洋的種群；B. m. brevicauda （也稱侏儒藍鯨），包括印度洋和南太平洋的種群。更早的權威把把印度洋種群單獨列為一個亞種稱B. m. indica。但和其他三個亞種不同的是，最後一個亞類的名稱並未出現在瀕危物種紅色列表上。目前兩種分類方法仍舊受到一些科學家的置疑；遺傳分析卻表明只有兩種亞種。 物種名稱musculus來源於拉丁語，有“強健”的意思, 但也可以理解為“小老鼠”。林奈在1758年的開創性著作中完成了該種類的命名，他可能知道這一點，然後幽默的使用了這個帶有諷刺意味的雙關語。藍鯨還有其他常用的名字，例如Sulphur-bottom（硫磺底），Sibbald"s Rorqual（鰮鯨的近親）， Great Blue Whale（大藍鯨） and Great Northern Rorqual（大北鰮鯨），近幾十年來這些名稱漸漸被人們遺忘。