鍾南山長期從事呼吸內科的醫療、教學、科研工作。重點開展哮喘，慢阻肺疾病，呼吸衰竭和呼吸系統常見疾病的規範化診療、疑難病、少見病和呼吸危重症監護與救治等方面的研究。並首次證實了隱匿型哮喘的存在。他所領導的研究所對慢性不明原因咳嗽診斷成功率達85%，重症監護室搶救成功率達91%。

承擔專案&成果獎勵

榮獲國家科學技術進步獎一等獎。

截至2010年9月，鍾南山取得中國國家、省市各級科研成果20餘項，2005年獲中國國家科技進步二等獎，2004年獲廣東省科技進步特等獎，省科技進步一等獎，並獲得了廣東省和廣州市科技進步個人特等獎。2003年獲何梁何利科技獎。

1980年，《GD微型最高呼氣流速儀》專案獲廣東省科技進步三等獎。

1982年，《轉基因因子研究》專案獲廣州市科技成果一等獎；

1994年，《哮喘及氣道高反應性》專案獲中國衛生部重大科技成果三等獎。

2008年，《應用siRNA策略研製預防和治療SARS疾病特效藥動物實驗》專案獲廣東省科學技術二等獎。

2008年，《慢性咳嗽的病因診斷程式、發病機制及其治療研究》專案獲廣州市科學技術進步一等獎，《SARS冠狀病毒滅活疫苗及相關研究》 專案獲廣州市科學技術進步二等獎。

2009年，《建立防治結合型全科醫學人才培養模式，推動社群衛生服務可持續發展》專案獲中國國家級教學成果二等獎。

論文著作

截至2010年9月，鍾南山在中國國內外醫學雜誌發表論文150餘篇，其中國外發表論文被SCI引用81次，主編了《英中日圖解醫學辭典》《Asthma》《現代呼吸病進展》《解讀急性傳染性非典型肺炎預防與對策》 《傳染性非典型肺炎臨床診斷與治療》。