自考生在學習期間的檔案統稱為“學籍檔案”，畢業時，自考生的學籍檔案材料原件應儘快歸到自己的人事檔案中，存入相關人事部門。

自考生的學籍檔案主要是《畢業生登記表》（全日制自考生還有《考生畢業審定表》），內容包括該畢業生姓名、專業、區縣、每次參考時間、准考證及身份證號碼、聯絡電話、畢業稽核部門簽署意見等重要證明資訊。

自考畢業申請稽核通過後，市考辦會將自考生畢業證書和學籍檔案材料原件密封后，發到自考生手中，自考生根據個人情況採取合理方式歸入個人檔案。

自考生根據就業情況可以分為：有單位自考生、沒有單位自考生2大類。有單位的自考生（單位具有人事管理權即具有人事檔案管理部門），畢業後可將學籍檔案材料送到本人單位人事部門，人事管理人員會將自考學歷檔案歸入其個人檔案，在以後需要職稱評定、升職等需要時起相關作用。而對於沒有工作單位的考生，可將學籍檔案材料原件存放街道辦事處、當地派出所或人才交流中心等有權存放人事檔案的部門代管，與自己的人事檔案歸在一起，一定不要自己拿著，你的學籍檔案應是人事檔案的一部分。

據瞭解，在高校研究生錄取過程中，有的自考生個人手持自考檔案辦理調檔工作，這是不允許的；在錄取研究生時，各高校會自行出具調檔函調取檔案，考生切勿自行持檔案交與學校，以免引起不必要的麻煩甚至不良後果。。

高中畢業後直接參加自考的這部分自考生，首先要回原高中學校問詢自己檔案所在何處（高中檔案管理處或已派發到戶籍所在街道辦事處），然後將自考學籍檔案交由檔案管理部門和個人檔案歸檔即可。