在未施基肥或基肥數量較少時，施用種肥尤為重要。大豆施用種肥是東北春大豆產區提高大豆單產的一項成功經驗，東北地區早春土溫較低，大豆苗期根系發育較弱，吸收肥力能力較差，施用種肥能及時滿足大豆苗期對養分的需求。最常用的種肥是過磷酸鈣，為了防止過磷酸鈣燒種、燒苗，最好是將過磷酸鈣製成顆粒肥料或摻入少量優質有機肥料施用，如家畜糞肥、土雜肥、草木灰等。過磷酸鈣的用量一般為150kg/hm2。在高寒地區、山區、春季氣溫低的地區，為了促使大豆苗期早發，可適當施用氮肥作為“啟動肥”，即每公頃施用尿素45～60kg，隨種下地，但要注意種、肥隔離，肥料距離種子5cm以上。磷酸二銨作大豆種肥效果很好。在丘陵薄地每公頃施用磷酸二銨187.5～225.0kg（或過磷酸鈣500～550kg加尿素75kg）；中等肥力的平川地、漫崗地每公頃施磷酸二銨150kg（或過磷酸鈣450kg加尿素60kg）；在平原肥沃地每公頃施磷酸二銨75kg（或過磷酸鈣225kg加尿素30kg），同時施用硫酸鉀或氯化鉀75～100kg/hm2。種肥最好深施或側深施，施在種子側下方5cm左右。大豆種植地區常採用鉬酸銨拌種，拌種量為每千克種子用1～2g鉬酸銨（如15kg種子用15～30g鉬酸銨，加水0.5～1.0L配成肥料溶液）。播種前先將肥料用少量熱水溶解，然後用冷水稀釋到所需的量（配製成1%～2%的鉬酸銨溶液），用噴壺把肥液噴到種子上，邊噴邊攪動，噴勻後陰乾即可播種。但應注意用液量不宜過多，拌後種子一定要晾乾。如果要拌農藥，切忌在種子晾乾後再拌。在缺硼、缺鋅土壤上，大豆施肥也常常採用硼肥或鋅肥拌種處理。用硼砂拌種每千克豆種用0.4～0.5g硼砂，首先將硼砂溶於16mL熱水中，冷卻後與種子均勻混拌。用硫酸鋅拌種，每千克豆種用4～6g硫酸鋅，拌種用液量為種子量的0.5%。如果硫酸鋅作基肥施用則不必拌種。在許多國家的大豆生產中，播種時接種根瘤菌劑是必不可少的生產措施。接種後，根瘤菌固氮所提供的氮素可佔大豆總需氮量的50%～80%。在中國各大豆產區，根瘤菌劑的應用非常不平衡：南方應用得較多，北方較少。實驗證明，根瘤菌劑如果使用正確，可使大豆平均增產10%。一般菌劑用量為每公頃2～3.5kg，以每粒豆種沾有10萬個以上根瘤菌數為宜。拌完後應稍晾乾再播種。播種後應立即覆土，以防日曬。如種子需先消毒處理，則應在播種前2～3周進行。肥料對菌肥有明顯的影響，氮肥過量對根瘤菌固氮有抑制作用，會降低菌肥效果。根瘤菌肥料與微量元素或磷、鉀肥拌種時，應把拌過菌肥的種子先用少量泥漿裹種，然後再與化肥拌種。遊離酸等副成分含量高的化肥對根瘤菌及種子均有抑制作用，不宜作拌種肥料。