"那位先生"

姓名：不詳

簡述："那位先生"即組織內成員對黑組織首領的稱呼。黑組織首領的身份一直是一個謎，即使在漫畫中也從未露面或者有過一個剪影。現在唯一可以知道的是，組織的首領手機號碼在鳥取縣(TV387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(尾奏曲))。據說作者青山剛昌曾經在2006年的一次訪談中指出組織的首領其實是之前的漫畫中出現的人物，由此產生了一些猜測。

【組織首腦】

對黑組織首領身份的猜測，一直集中在舊劇情人物和未出現新人物兩點上。一份據說是2006年青山剛昌訪談的文章使第一種觀點獲得了較多支援。目前，就第一種觀點，人們普遍認為黑組織首領會出自以下幾個人物：

阿笠博士

這是最常見的一個懷疑。人們普遍認為，一個一直"沒發明什麼有用東西"（工藤新一語）的博士，如何會擁有其實並不少的資產？另外阿笠博士在劇集中也做出了很多很有用的東西，為什麼會一直默默無聞？有人認為阿笠博士的身份很值得懷疑，加上柯南和灰原哀出現的巧合，讓人懷疑阿笠博士很可能就是"那位先生"。過去還有人提出阿笠博士姓名的羅馬音拼法類似《福爾摩斯》中的大反派莫里亞蒂教授的姓名。這是不正確的。莫里亞蒂的拼法是:Moriarty,日文拼出來則是モリアーティー，而阿笠博士則是Agasa，假名拼出來則是 アガサ。這顯然不可能相同。

毛利小五郎

也有人相信毛利小五郎才是黑組織的首領。一個很好笑的理由是組織的成員代號都是酒名，而毛利大叔很喜歡喝酒……- -b。此外毛利大叔有時忽然爆發的推理能力也使人生疑，覺得他一直在裝糊塗或者是大智若愚。

其實毛利大叔的嫌疑是最小的。在TV425中，琴酒曾下令槍殺毛利小五郎。見過"那位先生"本人的琴酒，恐怕不會下令殺死組織的首領吧……

工藤優作

新一的父親也是懷疑物件。他具有超過柯南的推理能力，還有在美國的神秘生活。組織磁碟中存有以他作品主人公命名的"暗夜男爵"病毒，還有他的妻子有希子是組織成員苦艾酒的好友。種種跡象表明，工藤優作和組織似乎也有一些瓜葛。另外柯南每每能夠在與組織對抗的絕境中不可思議的逃生，是不是因為組織成員得到優作的授意不得傷害柯南呢？

詹姆士探員

作為赤井秀一和朱蒂的上司，FBI探員詹姆士也有些奇怪的地方。例如在他初登場時，柯南注意到他的名字和莫里亞蒂教授同名而且生於倫敦，同時又來自曾經黑幫橫行的芝加哥，而姓氏恰恰是英語的單詞"黑"（全名James Black 詹姆士.布萊克）。之後詹姆士也有一些奇怪的行為，使人產生一些聯想。

除了這些人之外，以下人物也被懷疑可能是"那位先生"

遠山刑警（遠山和葉的爸爸）、Mr正影（案件中提到的失蹤名魔術師）、白鳥任三郎、常盤榮策（TV 425 中組織暗殺目標的政敵）

甚至還有人懷疑阿笠博士的那個初戀情人是BOSS,但似乎和“先生”有些矛盾，但一些人認為是初戀情人的朋友。