首先說說色素的種類。高等植物----我們常見的陸生植物除了苔蘚以外基本都是----最重要的色素有三類：綠色的葉綠素，橙色或黃色的類胡蘿蔔素，以及紅色或藍色的花色素。其它諸如茄紅素、辣椒紅色素之類比較小眾，只存在於少數物種，就不說了。 類胡蘿蔔素主要有胡蘿蔔素和葉黃素，其它玉米黃質、花葯黃質、新黃質等等略過不提。雞蛋裡也有葉黃素，被稱為卵黃素。卵黃的顏色跟吃蟲子大概沒什麼關係，倒是跟吃青飼料有關----蘇丹紅另算。 花色素比較特別，紅蘋果的紅色素是它，藍色鳶尾花的藍色素也是它，黑莓、黑糯米那黑黑的顏色還是它 。具體是什麼顏色，跟液泡的pH值、花色素種類、是否與金屬離子螯合以及是否與其它黃酮類分子存在共色作用（copigmentation）等有關，那是相當滴複雜，可以專門講幾節課了。反正玫瑰總是培育不出純粹的藍色品種，你在情人節扔掉的藍色妖姬都是染色的，轉基因藍玫瑰的顏色始終怪怪的。 存在部位比較簡單。葉綠素都存在於葉綠體中----進行光合作用的那個；類胡蘿蔔素除了葉綠體以外，還存在於有色體中，菊花的橙黃色花瓣裡就有它。（為什麼要說菊花呢？）葉綠體和有色體都屬於一類稱為質體的細胞器，他們家族還包括起貯藏作用的白色體（有澱粉體、蛋白體、油質體等幾兄弟）。花色素是水溶性的，主要存在於液泡中。

存在於質體中。

質體包括葉綠體、有色體和白色體，其中胡蘿蔔素存在於葉綠體和有色體中。

番茄的紅色就是果肉細胞有色體中胡蘿蔔素的顏色。