最主要的表現是胃腸道方面的不適，如：腹痛、腹脹、拒奶、嘔吐、腹瀉、糞便中帶血等，少部份的牛奶過敏也可以引起便秘。當牛奶中的蛋白質被胃腸吸收後，隨著血流運送到全身各個器官部位，也會產生不同器官的過敏反應，出現一些其他的症狀，例如：面板方面：兒童特應性皮炎或者溼疹（俗稱“奶癬”）、唇周/眼瞼部水腫、蕁麻疹等。呼吸方面：喘息、頻繁咳嗽、頻繁流涕、鼻炎等。其他：易激惹、頻繁哭吵、生長髮育遲緩、缺鐵性貧血、結膜炎等。

1、腹瀉：儘管腹瀉是寶寶身體會出現的常見症狀，但是如果腹瀉次數多並且具有持續性的話，應該要考慮是否是由於寶寶奶粉過敏所引起的。

2、嘔吐：如果寶寶在正常的就餐時間之外也會出現嘔吐的話，應該要注意是否是由於寶寶奶粉過敏引起的。

3、皮疹：這個症狀比較好判斷，而且只要出現就可以認為是過敏，但是要注意的是皮疹產生的原因很多，不一定是奶粉。不過如果皮疹與腹瀉和嘔吐同時出現的話，那基本可以斷定是寶寶奶粉過敏了。

4、過度哭鬧也是寶寶奶粉過敏的可能症狀之一，因此如果寶寶哭鬧時間長並且安撫無效的話，就應該要引起注意。

5、體重沒有增長，甚至還出現了降低的情況，另外寶寶體內氣體較多等也被認為是寶寶奶粉過敏的症狀。

6、呼吸障礙以及反應不活躍的情況也需要引起媽媽的注意，因為這有可能是寶寶體內對奶粉中的蛋白質其反應的表現。