巧了，我正好也幹過，只分享自己的方案，不說具體過程，不解決題主的問題，我這裡是純efi引導，首先分割槽，反正該有的分割槽先分出來，每個硬碟一個efi分割槽，考慮到Windows安裝時沒有選擇efi分割槽的過程，在硬碟a安裝Windows前，將硬碟b的efi分割槽取消掉efi標記，讓這個efi分割槽變成普通分割槽，這步我用的是Linux下的gparted，這樣安裝Windows時，選擇安裝在硬碟a上劃分好的系統分割槽，自動找到硬碟a上的efi分割槽並建立引導，同樣，硬碟b安裝Windows前取消硬碟a的efi分割槽的efi標記，加上硬碟b的efi分割槽的efi標記，之後正常安裝，最後兩個efi分割槽都加上efi標記，沒什麼用，其實也就安裝Windows時需要這個標記，到這裡已經有兩個互相沒有影響的Windows，都可以自己完成引導，efi引導裡有兩個Windows Boot Manager，都可以正常進系統，開機某個鍵按下就可以進入選擇引導項的介面，哪個預設可以設定efi引導順序，這步我都是用Linux的efibootmgr，一般bios設定介面可以設定這個的，同時兩塊硬碟拆掉任一塊都不影響另一塊硬碟上的Windows啟動，接下來先說互相看不見系統分割槽這個要求，簡單的在磁碟管理裡面刪除不想看到的分割槽的碟符就可以了，普通的應用程式看不到沒有碟符的分割槽，也不會去看，順便調整一下分配了的碟符，調到一致，既看著順眼，快捷方式之類的也能通用，然後所謂自動彈出選擇作業系統，我用的是grub2引導所有系統，在硬碟a的efi分割槽安裝個grub2，開機預設啟動這個grub2，手動配置這個grub2，新增幾個選項對應兩個Windows，grub2引導efi檔案核心程式碼只要一行，同樣需要的話也可以在硬碟b同時裝一個grub2,最後我還在硬碟a裝了Linux，這個就好辦了，畢竟Linux，各種分割槽掛載方式和路徑都可以手動配置，自由的多，同時這個Linux的boot目錄下再裝個grub2，配上自動搜尋其他系統，再自動生成grub2配置檔案，其實開機預設進入這個grub2的話就可以透過這個grub2引導三個系統任一個，但我還是打算用上面那個裝在硬碟a的efi分割槽裡的grub2，加個選項引導Linux的grub2的efi引導檔案就可以了，最終效果，開機啟動grub2，裡面有兩個Windows一個Linux，還有其他我沒提到的，都能選擇進入，這裡等待3秒， 手動選擇哪個就成為預設，選擇Linux就進入 Linux的boot目錄下的grub2，這裡也能看見所有三個系統，預設第一個就是這Linux自己，這裡等待1秒，我主用Linux，所以預設進Linux，有grub2相關命令可以設定grub2預設選項以及僅生效一次的下次選項，需要進Windows就設定下次進Windows，然後重啟後不用手動選擇，Windows再重啟又進入Linux，-------有空補幾張圖，-------能從別人公開分享的文章裡學到多少都是自己的本事，這裡並不打算教會別人什麼，

其實你不要使用你現在的U盤裡的工具！推薦下載微軟原版系統、用軟碟通寫入隨身碟，然後進入BIOS或者快捷選擇隨身碟啟動，即可順利做系統了！