據統計，全世界果樹種類約2800種，中國約有670多種，其中較重要的約有300多種。

果樹一般可按用途分為鮮食、加工原料、砧木和種質資源；也可按生長習性分為喬木果樹類、灌木果樹類、藤本果樹類和多年生草本果樹類；也有分為落葉果樹和常綠果樹的。目前通用的分類方法，主要根據果實形態結構和特徵以及生態分佈情況進行分類。

核果類食用部分主要是由子房發育成的肉質果皮，個別的種類是食用其種仁，堅硬的殼是由內果皮木質化形成，如桃、李、杏、梅、櫻桃等。楊梅、橄欖、核桃等果實也屬於核果，但常把前兩種列入亞熱帶和熱帶果樹類，後一種列入堅果類。

堅果類果實外部多具堅硬或革質的外殼，食用部分多為種仁。如板栗、榛子、核桃、山核桃、阿月渾子、銀杏、香榧等。

仁果類食用部分主要是由花萼和花托發育成的肉質部分，心皮形成果心，果心內有數個小形種子。如蘋果、梨、山楂、木瓜等，枇杷在植物學上也屬於梨果，因多分佈在亞熱帶地區，所以多把它列入亞熱帶和熱帶果樹類。

漿果類食用部分主要為內果皮，果實柔軟多汁，種子小而數量多。如葡萄、獼猴桃、醋栗、黑穗醋栗、越橘、樹莓、草莓等。

柑果類食用部分主要是果實內的多汁肉質瓤瓣，由多心皮的子房發育而成，外果皮堅韌具油室，中果皮疏鬆，為白色海綿狀的維管束，其間分佈許多橘結（維管束），內果皮膜質，分為若干室，是主要食用部分。如橘、橙、柚和檸檬等。

熱帶及亞熱帶果類主要是根據生態條件，把產於熱帶和亞熱帶的果樹均包括在內，是一種習慣的分類方法，雖然果實構造、樹體結構及生長習性等差異很大，如香蕉、鳳梨、椰子、龍眼、荔枝、芒果、楊桃、番木瓜、番荔枝、木菠蘿、油橄欖、腰果、鱷梨、麵包果、人心果等。

以上分類方法，僅仁果類、核果類、柑果類分類界限較清晰，其餘三類只是一個廣泛的綜合名稱。