微生物在農業中的作用1、分解土壤有機質，促進腐殖質形成，同時進行氮、磷、硫等養分的迴圈和轉化；2、促進土壤的形成，改善土壤的理化性質,增強土壤酶活性，培肥土壤；3、促進植物生長；4、土壤呼吸的重要來源；5、汙染環境修復，吸附和轉化有機汙染物和重金屬。土壤微生物量是土壤重要的肥力指標和健康指標，研究利用土壤微生物可用於各種退化土壤生態系統的修復與重建以及發展持續農業。

一些微生物的代謝產物可以作為天然的微生物殺蟲劑廣泛應用於農業生產。還有一些在分類學、生理學和經濟價值上非常重要的農業微生物。

1.透過對枯草芽孢桿菌的基因組研究，發現了一系列與抗生素及重要工業用酶的產生相關的基因。

2.乳酸桿菌作為一種重要的微生態調節劑參與食品發酵過程，對其進行的基因組學研究將有利於找到關鍵的功能基因，然後對菌株加以改造，使其更適於工業化的生產過程。

3.胡蘿蔔歐文氏菌、植物致病性假單胞菌以及中國正在開展的黃單胞菌的研究等正在進行之中。日前植物固氮根瘤菌的全序列也剛剛測定完成。借鑑已經較為成熟的從人類病原微生物的基因組學資訊篩選治療性藥物的方案，可以嘗試性地應用到植物病原體上。

4.特別像柑橘的致病菌這種需要昆蟲媒介才能完成生活週期的種類，除了殺蟲劑能阻斷其生活週期以外，只能透過遺傳學研究找到毒力相關因子，尋找抗性靶位以發展更有效的控制對策。固氮菌全部遺傳資訊的解析對於開發利用其固氮關鍵基因提高農作物的產量和質量也具有重要的意義。