微生物來源的藥物通稱為生物藥物，是微生物在其生命活動過程中產生的，能以極低濃度抑制或影響其他生物機能的低分子量代謝物。包括抗生素和具有其他藥理作用的微生物次級代謝產物，以及以微生物次級代謝為先導化合物、透過生物或化學方法制得的衍生物。20世紀40年代青黴素問世，開創了微生物藥物的新時代。抗生素在世界範圍內廣泛使用，使人類許多傳染性疾病得到控制；隨著微生物製藥的發展，它們在腫瘤化療、器官移植以及高膽固醇血癥治療等方面也發揮重要作用，成為不可缺少的藥物。我們日常食用的很多食品都是透過微生物的作用生產的。如食醋是用糧食等澱粉質為原料，經微生物制曲、糖化、酒精發酵、醋酸發酵等階段釀製而成；酒類：包括果酒、啤酒、白酒及其他酒均是利用釀酒酵母，在厭氧條件下進行發酵，將葡萄糖轉化為酒精生產的；啤酒是以優質大麥芽為主要原料，大米、酒花等為輔料，經過制麥、糖化、啤酒酵母發酵等工序釀製而成的一種含有二氧化碳、低酒精度和多種營養成分的飲料酒；醬油：微生物在生長過程中會產生大量的蛋白酶，將培養基中的蛋白質水解成小分子的肽和氨基酸，然後淋洗、調製成醬油產品。發酵乳製品是用良好的原料乳經過殺菌作用接種特定的微生物進行發酵作用，產生具有特殊風味的食品；酸奶：牛奶在厭氧條件下，由乳酸菌發酵，將乳糖分解，並進一步發酵產生乳酸和其他有機酸，以及一些芳香物質和維生素等；同時蛋白質也部分水解。麵包：現在的麵包均是利用活性乾酵母（麵包酵母）經活化後，與麵粉混合發酵，再加入各種新增劑，經烤制生產的。麵粉發酵後澱粉結構發生改變，變得易於消化、營養易於吸收。像這類食品還有很多，可見微生物在食品生產中發揮了非常大的作用。