微生物與自然環境的相互關係，互相依存，有利有害。

(1)微生物與其棲居自然環境的相互關係。微生物在自然環境中的存在分佈是歷史傳承、現實選擇及微生物適應進化的結果，主要方面是生態位上生物和非生物環境對微生物的選擇。

(2)動物體中微生物對動物是益害共存，但更主要的是互惠共生關係，研究其互惠共生關係，有助於對有益微生物的利用。

(3)植物體中微生物對植物也是益害共存，有些成為病原微生物，有些則可以促進植物的生長髮育。 抑害增益是利用這種相互關係的出發點。

(4)生物性黴腐是造成食品、糧食黴變的重要原因，產生大量生物毒素是重要的食品公共健康問題。

(5)人體正常的微生物區系是個體防禦病原微生物的一道屏障，但在特殊條件下也可以成為病原微生物。

微生物在自然界當中並沒有固定的角色，因為微生物包含的種類有很多，且各種類的功能也不一樣，既有可以像正義的天使，也可以像邪惡的魔鬼，所以只能用亦正亦邪來形容微生物。

自然界中的細菌、微生物、病毒、真菌、支原體、衣原體等都屬於微生物的範圍，如果從“邪惡”的角度來看，細菌和病毒都可以導致生物產生疾病，不管是動物還是植物都不能逃脫。比如我們身體很小的傷口，如果不清潔消毒處理，被很小的細菌感染，就有可能會引發疾病甚至有生命危險。

但是從正義的角度來看，微生物當中也有很多種類對人類的幫助非常大，比如提供麵粉發酵的酵母菌，糧食產生醋的醋酸菌，都是人類必不可少的有益菌種。另外人類在生產過程當中製造的一些汙染垃圾通常埋在地下，靠的也是微生物進行分解，這裡甚至可以將微生物看成是大自然的清潔工。

其實微生物也和地球上其他物種扮演的角色沒有太大區別，比如哺乳動物，爬行動物，鳥類都是益處與害處並存，但這都是站在人的角度去衡量的，如果將人類看作是地球上普通生物的一份子，那麼所有生物其實都是平等存在的，不存在固定角色這個概念。