東林黨和閹黨的爭鬥先要從萬曆年間開始說：那時候黨派林立，黨爭迭起。在這些黨派中，最先以浙黨勢力較大，浙黨首領沈一貫、方從哲都先後出任內閣首輔，在朝當政。後經“梃擊”、“紅丸、“移宮”三案之後，光宗朱常洛即位，東林黨因擁立有功而勢力大盛。浙黨落敗，轉而投效閹宦首腦魏忠賢。

兩黨黨爭最先交火的時候是在天啟三年開始天啟五年最為激烈。《明熹宗實錄》卷六十四，天啟五年十月九日，戶部尚書李起元便以“國計匱詘，採集輿論：提議 暫復榷稅。

這就是著名的魏忠賢收取商稅了，但是到了天啟六年王恭廠大爆炸遭到了東林黨的反撲，按照中國傳統天人感應的觀念，天災必應人事，但凡是發生了災禍，官員們都會覺得是朝廷上出了什麼問題，引起了老天爺的怒火。

所以，東林黨干將禮科都給事中彭汝南、河南道掌御史王業浩、河南道御史賈毓祥等人輪番上書，要求天啟皇帝好好反省自己，然後提出數條意見，其中包括“新復商稅、拖欠物料、捐俸助工”，排名第一就是要求罷免榷稅。

天啟帝不肯低頭還是閹黨崔呈秀極力要求才勉強同意。因為控制輿論走向的東林黨不但編排魏忠賢還把天啟帝也拉上了，為了保住天啟帝聲譽和魏忠賢的地位才低頭的。

王恭廠事件過後閹黨隨即發出發功訊號《明熹宗實錄》卷七十一，天啟六年五月十七日己未“捐俸助工，會典可據，在京尚書以下，在外州縣正官以上，俱捐俸薪一年，餘俱免捐。魏忠賢強行要求官員捐錢。除了各項的加派以外，還有增收榷稅、提解羨餘、強行要求捐獻、強徵拖欠賦稅。“稅差羨餘亦照正額之數，每兩解一錢。”這是魏忠賢對提解羨餘的看法，徵收天下官員的灰色收入。

魏忠賢提解羨餘、加派鹽課、雜項這些專案對準了勳貴集團、士紳集團和文官集團。直到崇禎登基後東林黨利用崇禎對閹黨的厭惡不但賜死魏忠賢，還聽文官的話召回了各地的鎮守太監、監察太監等，嚴令廠衛不得隨意出入京師，廠衛職權被文官全部剝奪困在北京。東林黨一時間自詡重正盈朝，一直到崇禎自盡東林黨仍然是以輿論清流控制朝臣，引導國家政策的黨派。朝廷各部級堂官閣臣都無法再失去清流的輿論支援下立足。連天啟魏忠賢面對清流的輿論攻勢都低頭，跟別說連廠衛都失去的崇禎了。

魏忠賢“閹黨”與東林黨之間此起彼伏的“黨爭”，歷來都被視為導致明朝滅亡的重要因素。

東林黨起自於萬曆中晚年，是以江南士大夫為主體的官僚政治利益集團，因顧憲成、高攀龍等黨魁在無錫東林書院聚眾講學，故而稱之為“東林黨”。東林黨以傳統儒家道德觀念為標榜，時常開展活動品評各種國家社會時政熱點，以“家事國事天下事事事關心”為口號，掌控社會輿論，參與政治活動。參加東林黨的大多是大官僚、縉紳地主、大商人等群體，由這些人組成的利益集團出於維護自身利益的需要，對外界具有很強的排斥性，將一大批在與東林黨的角逐中落敗的官僚、士人推到了另外一個對立面。要鬥倒東林黨，就要找靠山、伴大樹，縱觀整個帝國上下，唯一能與東林黨抗衡的就只剩下“司禮監太監”了。成型於明朝中期的“皇帝——文官內閣——司禮監太監”三權平衡政治體系，使得司禮監太監成為了能和內閣大學士平起平坐的政治勢力。於是與東林黨對立的官僚士紳紛紛投靠到魏忠賢門下，聚合組成了實力強勁的“閹黨集團”。兩黨之間爭權奪利，置百姓疾苦和關外滿清八旗崛起於不顧，誰也談不上比對方高尚多少。從大的方面看，東林黨和閹黨都是瘋狂聚斂社會財富的既得利益階層，兩黨的鬥爭在很大層面上是在爭搶利益、財富，是典型的統治階級內部窩裡鬥。崇禎即位之初快速驅逐了魏忠賢，標誌著閹黨集團的正式垮臺，從此東林黨一家獨大，他們對上與崇禎皇帝虛與委蛇，對下聚斂大量社會財富加劇帝國貧富兩極分化的社會矛盾。在明清交替的動盪時期，他們捂緊口袋在崇禎、李自成、多爾袞之間尋找大官僚、大地主、大商人的利益代言人。在南明弘光政權獻出南京、投降清軍的關頭，東林黨魁錢謙益的一句——“水太涼了”，道盡了東林黨只顧身家的真實面目……

很多史書和史學家，都習慣性把東林黨和魏忠賢及其閹黨的鬥爭認為是正邪之間的鬥爭，認為魏忠賢最後的落敗是邪不勝正。這個看法不算太錯，但也不是沒有瑕疵，我的看法是——一群自以為清高的偽君子被一群真小人弄死了。

東林黨的門檻很高，不是正途出身計程車子很難進門。而且他們認為自己的身份很高貴，代表著正義和力量。他們接受了東林書院的薰陶和教育，決心以王陽明的學說來拯救這個似乎需要他們來拯救的人。

而魏忠賢呢？就是一個閹人，一個之前還在給東林黨人的敵人李選侍做狗的奴才。這樣的閹奴怎麼能和高貴的東林黨人做朋友呢？

可問題是，魏忠賢確實是閹人，也確實混賬的夠嗆，但是你東林黨人自己也不乾淨啊！你們鬥爭的方法就是黨同伐異，就是把所有異己排除出去，這麼擴大打擊面，真的是政治家的手段嗎？

最要命的是，東林黨還不是完全拒絕和宦官合作，比如魏忠賢的上司的上司、光宗的親信王安，就和他們關係很好。這麼搞，有原則嗎？有底線嗎？

所以，東林黨和魏忠賢，並不是絕對的正邪之爭。其實說到底，只不過是一群政治勢力輸給另一群政治勢力罷了。