區別有如下五點；
（一）形態和構造上的區別
銀杏雌株的苗木表現為莖幹矮壯，發芽早，落葉遲的特點；成年樹葉片外緣缺刻淺，枝條開張，具層性，長枝比例小，樹冠稀疏。雄株則相反。但是，這些細微差別也受到多種因子的影響，有時變得難於辨別，只因方法簡便，故也可用作初步判斷。
日本學者阪本榮作在檢查了大量銀杏的雌雄株葉柄後發現，雌樹葉柄下方維管束周圍有油狀空隙，而雄樹葉柄則無此構造。所以，葉柄的構造，亦可用於判斷銀杏植株的性別。
（二）對化學藥品的反應有區別
日本學者巖崎文雄，分別用重鉻酸鉀、硫酸銅、硫酸鋅、氯化鉀、2，2-二氯丙酸、2，4-D處理銀杏葉，結果都是雌樹葉子的反應明顯。處理的具體方法是：剪取銀杏枝條，先在清水中浸2天，取出後再插入0.03%的氯酸鉀溶液中，先在黑暗中放兩天，而後讓其見光，注意不要在Sunny下曝曬，並換上清水，一週後雌樹枝條上的葉片先開始凋萎，再過幾天，雄樹枝條上葉片才開始凋萎。
用藥物處理判別銀杏的雌雄性別，其原理是兩者的酶系統有明顯的區別，特別是過氧化氫酶的活性有明顯的區別。雄樹酶活性強，解毒作用也強，所以受害較遲較少。雌樹則正好相反。由此可見，除了上述藥物，如果使用其他氧化劑處理，有可能也能得到相似的結果。
（三）酶活性和酶譜方面的差別
浙江麗水林校測定了雌雄銀杏葉片過氧化氫酶的活性，發現雄株明顯高於雌株，其活力相差1.4倍以上。
中國北京大學和四川林科所，還有日本學者等，先後採用同工酶技術來判別銀杏的性別。試驗的結果是：兩者在酯酶方面未見明顯差異，但是，過氧化物酶譜則有很大不同。只是測定的具體結果有很大的區別。北京大學用春季幼葉做試驗，測定的結果是：雌株在等電點4.5，5.1，6.0三個區段出現譜帶，而雄株只在等電點4.5—個區段出現譜帶。以後用已經展開的葉片試驗，仍然見到了雌樹顯示較多譜帶的規律。四川林科所測定的結果也見到了雌株譜帶多、雄株譜帶少的規律，只是出現的數量和位置與北京大學測定的結果有不同。而日本學者測定的結果是：無論雌樹或雄樹，都有三條譜帶，只是分佈有所不同，雄樹具濃C帶，而雌樹具淡的A帶。
（四）染色體上的區別
從遺傳學的角度看，銀杏雌雄性別的鑑別還是以染色體的測定最為可靠。
銀杏的染色體為2N=24，由一對中部著絲點的大染色體、一對小型的中部著絲點的小染色體和十對小型近端著絲點的小染色體所組成，其中前兩對染色體見隨體。
李正理和Earl H.Newcomer1956年同時在美國植物學雜誌上發表了雌雄銀杏染色體有所區別的結論，但具體意見絕然不同。隨後30多年，沒有人繼續作深入研究。這是因為如果利用銀杏的莖尖和葉原基作離體處理，染色體既少又長，難以進行染色體研究，假如延長前處理時間，離體的莖尖和葉原基就會死亡。雖然利用銀杏的種子胚根作活體處理24—28小時，可以提高分裂指數，縮短染色體長度，但這種方法又不適於用作銀杏性染色體的研究。所以，關於銀杏的性別，在染色體方面究竟有何種區別，一直得不到正確的回答。
1992年，中國南開大學生物系陳瑞陽等，對選用的30年生雌雄銀杏植株的根尖，透過0.2%秋水仙鹼離體處理4—5小時，獲得了比較理想的銀杏染色體。利用去壁低滲法（Chenet al.，1979）製取染色體標本，採用Li和Chen的方法作核型分析，利用GiemsaC-帶和Ag-染色技術對銀杏染色體重新作深入研究，發現銀杏的性別決定機制為WZ型，雄性為2n=24=22A+ZZ，雌性為2n=24=22A+WZ。雌樹一對近臂大染色體為異型染色體，其中一條短臂頂端具大而明顯的隨體和NOR區（Z染色體），而雄樹全部為同型染色體，一對大染色體為近等染色體，短臂頂端具有一對相同的小隨體和NOR區，其形態與雌樹中的一條大染色體（Z染色體）完全相同。陳瑞陽先生同時發現，銀杏性染色體與NOR區同處一條染色體上，所以，其雌雄株的核仁組織區分別為W—NOR區和Z—NOR區。這與昆蟲界和鳥類等動物所具有的性別決定機制相似，在植物中實屬罕見，現有報道中只有草莓和木麻黃屬於這種型別。由此可見，對於銀杏染色體的深入研究，還一定能為生物學的研究提供很多新資訊。
（五）體內有機養分的區別
江蘇農學院園藝系陳鵬等1991年研究了銀杏枝、葉、花器內還原糖含量的年變化規律，發現5月份雌株葉內，還原糖含量明顯高於雄株；而8—9月份，雄株葉內的還原糖含量又高於雌株。為此，有人提出能否利用葉內還原糖含量的高低來判別銀杏的性別。葉內還原糖方面的這種差別，有可能是雌雄株有機養分的積累與消耗，尤其是消耗高峰期有所不同的反映。銀杏幼樹是否真正存在這種規律，還需作深入研究。即使存在這種規律性，也正如作者所說的，尚須找到雌雄株的區分界限。所以，能否利用體內有機養分含量的差別，來確定銀杏的雌雄性別，還需要作進一步研究。
區別有如下五點；
（一）形態和構造上的區別
銀杏雌株的苗木表現為莖幹矮壯，發芽早，落葉遲的特點；成年樹葉片外緣缺刻淺，枝條開張，具層性，長枝比例小，樹冠稀疏。雄株則相反。但是，這些細微差別也受到多種因子的影響，有時變得難於辨別，只因方法簡便，故也可用作初步判斷。
日本學者阪本榮作在檢查了大量銀杏的雌雄株葉柄後發現，雌樹葉柄下方維管束周圍有油狀空隙，而雄樹葉柄則無此構造。所以，葉柄的構造，亦可用於判斷銀杏植株的性別。
（二）對化學藥品的反應有區別
日本學者巖崎文雄，分別用重鉻酸鉀、硫酸銅、硫酸鋅、氯化鉀、2，2-二氯丙酸、2，4-D處理銀杏葉，結果都是雌樹葉子的反應明顯。處理的具體方法是：剪取銀杏枝條，先在清水中浸2天，取出後再插入0.03%的氯酸鉀溶液中，先在黑暗中放兩天，而後讓其見光，注意不要在Sunny下曝曬，並換上清水，一週後雌樹枝條上的葉片先開始凋萎，再過幾天，雄樹枝條上葉片才開始凋萎。
用藥物處理判別銀杏的雌雄性別，其原理是兩者的酶系統有明顯的區別，特別是過氧化氫酶的活性有明顯的區別。雄樹酶活性強，解毒作用也強，所以受害較遲較少。雌樹則正好相反。由此可見，除了上述藥物，如果使用其他氧化劑處理，有可能也能得到相似的結果。
（三）酶活性和酶譜方面的差別
浙江麗水林校測定了雌雄銀杏葉片過氧化氫酶的活性，發現雄株明顯高於雌株，其活力相差1.4倍以上。
中國北京大學和四川林科所，還有日本學者等，先後採用同工酶技術來判別銀杏的性別。試驗的結果是：兩者在酯酶方面未見明顯差異，但是，過氧化物酶譜則有很大不同。只是測定的具體結果有很大的區別。北京大學用春季幼葉做試驗，測定的結果是：雌株在等電點4.5，5.1，6.0三個區段出現譜帶，而雄株只在等電點4.5—個區段出現譜帶。以後用已經展開的葉片試驗，仍然見到了雌樹顯示較多譜帶的規律。四川林科所測定的結果也見到了雌株譜帶多、雄株譜帶少的規律，只是出現的數量和位置與北京大學測定的結果有不同。而日本學者測定的結果是：無論雌樹或雄樹，都有三條譜帶，只是分佈有所不同，雄樹具濃C帶，而雌樹具淡的A帶。
（四）染色體上的區別
從遺傳學的角度看，銀杏雌雄性別的鑑別還是以染色體的測定最為可靠。
銀杏的染色體為2N=24，由一對中部著絲點的大染色體、一對小型的中部著絲點的小染色體和十對小型近端著絲點的小染色體所組成，其中前兩對染色體見隨體。
李正理和Earl H.Newcomer1956年同時在美國植物學雜誌上發表了雌雄銀杏染色體有所區別的結論，但具體意見絕然不同。隨後30多年，沒有人繼續作深入研究。這是因為如果利用銀杏的莖尖和葉原基作離體處理，染色體既少又長，難以進行染色體研究，假如延長前處理時間，離體的莖尖和葉原基就會死亡。雖然利用銀杏的種子胚根作活體處理24—28小時，可以提高分裂指數，縮短染色體長度，但這種方法又不適於用作銀杏性染色體的研究。所以，關於銀杏的性別，在染色體方面究竟有何種區別，一直得不到正確的回答。
1992年，中國南開大學生物系陳瑞陽等，對選用的30年生雌雄銀杏植株的根尖，透過0.2%秋水仙鹼離體處理4—5小時，獲得了比較理想的銀杏染色體。利用去壁低滲法（Chenet al.，1979）製取染色體標本，採用Li和Chen的方法作核型分析，利用GiemsaC-帶和Ag-染色技術對銀杏染色體重新作深入研究，發現銀杏的性別決定機制為WZ型，雄性為2n=24=22A+ZZ，雌性為2n=24=22A+WZ。雌樹一對近臂大染色體為異型染色體，其中一條短臂頂端具大而明顯的隨體和NOR區（Z染色體），而雄樹全部為同型染色體，一對大染色體為近等染色體，短臂頂端具有一對相同的小隨體和NOR區，其形態與雌樹中的一條大染色體（Z染色體）完全相同。陳瑞陽先生同時發現，銀杏性染色體與NOR區同處一條染色體上，所以，其雌雄株的核仁組織區分別為W—NOR區和Z—NOR區。這與昆蟲界和鳥類等動物所具有的性別決定機制相似，在植物中實屬罕見，現有報道中只有草莓和木麻黃屬於這種型別。由此可見，對於銀杏染色體的深入研究，還一定能為生物學的研究提供很多新資訊。
（五）體內有機養分的區別
江蘇農學院園藝系陳鵬等1991年研究了銀杏枝、葉、花器內還原糖含量的年變化規律，發現5月份雌株葉內，還原糖含量明顯高於雄株；而8—9月份，雄株葉內的還原糖含量又高於雌株。為此，有人提出能否利用葉內還原糖含量的高低來判別銀杏的性別。葉內還原糖方面的這種差別，有可能是雌雄株有機養分的積累與消耗，尤其是消耗高峰期有所不同的反映。銀杏幼樹是否真正存在這種規律，還需作深入研究。即使存在這種規律性，也正如作者所說的，尚須找到雌雄株的區分界限。所以，能否利用體內有機養分含量的差別，來確定銀杏的雌雄性別，還需要作進一步研究。