藍藻的危害與天敵在一些營養豐富的水體中，有些藍藻常於夏季大量繁殖，並在水面形成一層藍綠色而有腥臭味的浮沫，稱為“水華”。大規模的藍藻爆發，被稱為“綠潮”（和海洋發生的赤潮對應）。綠潮引起水質惡化，嚴重時耗盡水中氧氣而造成魚類的死亡。更為嚴重的是，藍藻中有些種類（如微囊藻）還會產生毒素（簡稱MC），大約50%的綠潮中含有大量MC。MC除了直接對魚類、人畜產生毒害之外，也是肝癌的重要誘因。MC耐熱，不易被沸水分解，但可被活性碳吸收，所以可以用活性碳淨水器對被汙染水源進行淨化。

藍藻等藻類是鰱魚的食物，可以透過投放此類魚苗來治理藻類，防止藻類爆發。

藍藻爆發原因藍藻爆發是因為富營養化。過量的養分主要來自於以下這些源頭：

生活汙水，包括人類的生活廢水和含磷清潔劑。

畜禽養殖，畜禽的糞便含有大量營養廢物如氮和磷，這些元素都能導致富營養化。

工業汙染，包括化肥廠和廢水排放。

藻毒素的危害性藻毒素具有水溶性和耐熱性，易溶於水，含甲醇或丙酮，不揮發，抗pH變化。其分子式為C49H74N10012，分子量為995.2（計算時往往按1000計）。

藻毒素在水中的溶解性大於1克/升，化學性質相當穩定。在水中藻毒素的自然降解過程是十分緩慢的，當水中的含量為5毫克/升時，3天后，僅10%被水體中微粒吸收，7%隨沙沉澱。藻毒素有很高的耐熱性，加熱煮沸都不能將毒素破壞，也不能將其去除；自來水處理工藝的混凝沉澱、過濾、加氯也不能將其去除。有調查試驗研究表明，在某湖周圍3個自來水廠的出廠水中檢出低濃度的藻毒素（128～1400毫克/升），結果顯示採用常規的飲水消毒處理不能完全消除水體中的藻毒素。

藻毒素是一種肝毒素，這種毒素是肝癌的強烈促癌劑。

家畜及野生動物飲用了含藻毒素的水後，會出現腹瀉、乏力、厭食、嘔吐、嗜睡、口眼分泌物增多等症狀，甚至死亡。病理病變有肝臟腫大、充血或壞死，腸炎出血、肺水腫等。

對於人類健康，微囊藻毒素也具有很大危害性。其中MC-LR的半致死劑量（LD50）為50～100毫克/千克。人們在洗澡、游泳及其他水上休閒和運動時，面板接觸含藻毒素水體可引起敏感部位（如眼睛）和面板過敏；少量喝入可引起急性腸胃炎；長期飲用則可能引發肝癌。醫學部門已發現飲水中微量微囊藻毒素與人群中原發性肝癌的發病率有很大相關性。1996年在巴西造成100多名急性肝功能故障，7個月內至少50人死於藻毒素產生的急性效應，引起舉世矚目的關注。淡水水體中的藍藻毒素已成為全球性的環境問題，世界各地經常發生藍藻毒素中毒事件。